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xiao_2008

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】求助详细安装gromacs的步骤,谢谢 已有3人参与

本人是新手,下载了linux下的版本,但是安装了好久都没有安装上,求助有没有详细点的安装步骤啊 谢谢
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dubo

金虫 (著名写手)

优秀版主

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+2):谢谢 2010-12-12 22:29:08
内容已删除
2楼2010-12-12 17:39:04
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love5264

木虫 (正式写手)

内容已删除
谋定而动
3楼2010-12-12 20:33:28
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zyj8119

木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+10):谢谢 2010-12-14 17:10:31
引用回帖:
Originally posted by love5264 at 2010-12-12 20:33:28:


谢谢你啊 很详细

gromacs安装流程

(1) 解压缩fftw,lam-mpi,gromacs源码
     tar -zxvf fftw-3.1.2.tar.gz
     tar –zxvf gromacs-3.3.1.tar.gz
     tar -zxvf lam-7.1.3.tar.gz

(2) 编译lam-mpi
     cd lam-7.1.3 ./configure --prefix=/home/lam-7.1.3 --without-fc --with-rsh="ssh-x"   
     make
     make install
     注:--without-fc是不编译mpif77,可以去掉

(3) 添加mpi环境变量
      export PATH=$PATH:/home/lam-7.1.3/bin ( append to .bashrc)

(4) 编译fftw单双精度版
     cd fftw-3.1.2
     ./configure --enable-float --enable-mpi --prefix=/home/fftw-3.1.2
     make
     make install
     make distclean
     ./configure --disable-float --enable-mpi --prefix=/home/fftw-3.1.2  

(3) 设置fftw环境变量
     export CPPFLAGS=-I/home/fftw-3.1.2/include
     export LDFLAGS=-L/home/fftw-3.1.2/lib

(4) 编译gromacs
     cd gromacs-3.3.1

     ./configure --prefix=/home/gromacs-3.3.1 --enable-mpi
     make
     make install
     make distclean
     ./configure --prefix=/home/gromacs-3.3.1 --program-suffix=_d --enable-mpi --disable-float

(5) 设置gromacs环境变量
      export PATH=$PATH:/home/gromacs-3.3.1/bin ( append to .bashrc)

(6) 编译gromacs源包里的其它文件(可选)
      make contrib
好好学习,天天向上。
4楼2010-12-14 03:41:22
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