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xiao_2008

金虫 (正式写手)

应助: 0 (幼儿园)
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红花: 1
帖子: 408
在线: 758.1小时
虫号: 370427
注册: 2007-05-13
性别: GG
专业: 食品加工技术

[交流] 【求助】求助详细安装gromacs的步骤，谢谢已有3人参与

本人是新手，下载了linux下的版本，但是安装了好久都没有安装上，求助有没有详细点的安装步骤啊谢谢

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1楼 2010-12-12 15:37:39

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)

模拟EPI: 10
应助: 65 (初中生)
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红花: 35
帖子: 2936
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虫号: 664177
注册: 2008-11-29
性别: GG
专业: 理论和计算化学

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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+10):谢谢 2010-12-14 17:10:31

引用回帖:

Originally posted by love5264 at 2010-12-12 20:33:28:

谢谢你啊很详细

gromacs安装流程

(1) 解压缩fftw，lam-mpi，gromacs源码
   tar -zxvf fftw-3.1.2.tar.gz
   tar –zxvf gromacs-3.3.1.tar.gz
   tar -zxvf lam-7.1.3.tar.gz

(2) 编译lam-mpi
   cd lam-7.1.3 ./configure --prefix=/home/lam-7.1.3 --without-fc --with-rsh="ssh-x"
   make
   make install
   注：--without-fc是不编译mpif77，可以去掉

(3) 添加mpi环境变量
   export PATH=$PATH:/home/lam-7.1.3/bin ( append to .bashrc)

(4) 编译fftw单双精度版
   cd fftw-3.1.2
   ./configure --enable-float --enable-mpi --prefix=/home/fftw-3.1.2
   make
   make install
   make distclean
   ./configure --disable-float --enable-mpi --prefix=/home/fftw-3.1.2

(3) 设置fftw环境变量
   export CPPFLAGS=-I/home/fftw-3.1.2/include
   export LDFLAGS=-L/home/fftw-3.1.2/lib

(4) 编译gromacs
   cd gromacs-3.3.1

   ./configure --prefix=/home/gromacs-3.3.1 --enable-mpi
   make
   make install
   make distclean
   ./configure --prefix=/home/gromacs-3.3.1 --program-suffix=_d --enable-mpi --disable-float

(5) 设置gromacs环境变量
   export PATH=$PATH:/home/gromacs-3.3.1/bin ( append to .bashrc)

(6) 编译gromacs源包里的其它文件（可选）
   make contrib

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好好学习，天天向上。

4楼2010-12-14 03:41:22