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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】大家看看这对引物（高G+C含量）的退火温度设多少合适
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clearth

木虫之王 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】大家看看这对引物（高G+C含量）的退火温度设多少合适

真菌通用引物：（做DGGE分析的，因此GCfung含GC夹）
NS1: 5′-GTAGTCATATGCTTGTCTC-3′
GCfung: 5′-CGCCCGCCGCGCCCCGCGCCCGGCCCGCCGCCCCCGCCCCATTCCCCGTTACCCGTTG-3′

上海生工合成的引物，报告单显示：

NS1的Tm=53.25℃，GC=42.11%
GCfung的Tm=89.02℃，GC=86.21%
GCfung不带“GC夹”的Tm=57.3℃，GC=55.56%

麻烦大家看看这对引物（高G+C含量）的退火温度设多少合适？谢谢啊
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1楼 2010-12-11 20:01:00
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scelab

荣誉版主 (文坛精英)
★
clearth(金币+1):谢谢参与
GC好多啊
不懂，帮顶
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2楼2010-12-11 23:23:42
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bigboy123

铜虫 (小有名气)
★
clearth(金币+1):谢谢参与
兄弟你玩的太高难了！不过建议你一开始先当那个发夹不存在，做做试试，应该没什么问题。哪个GCfung可以多加点，只要出点带，后面就好办。
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3楼2010-12-12 10:04:41
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clearth

木虫之王 (正式写手)
大家都来帮帮忙啊
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4楼2010-12-12 10:05:18
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clearth

木虫之王 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by bigboy123 at 2010-12-12 10:04:41:
兄弟你玩的太高难了！不过建议你一开始先当那个发夹不存在，做做试试，应该没什么问题。哪个GCfung可以多加点，只要出点带，后面就好办。

高难？DGGE分析中引物必须带GC夹的
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5楼2010-12-12 10:07:15
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yqhc

金虫 (小有名气)
★
clearth(金币+1):谢谢参与
68度退火，延伸试一试
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6楼2010-12-12 10:33:06
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rainwander

铁杆木虫 (知名作家)
★
clearth(金币+1):谢谢参与
clearth(金币+1): 2010-12-12 19:59:54
不算GC夹，Tm-5左右
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7楼2010-12-12 13:56:12
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clearth

木虫之王 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by rainwander at 2010-12-12 13:56:12:
不算GC夹，Tm-5左右

两个引物的Tm相加除以2再减去5度，就是吗？
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8楼2010-12-12 20:00:48
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rainwander

铁杆木虫 (知名作家)
引用回帖:
Originally posted by clearth at 2010-12-12 20:00:48:

两个引物的Tm相加除以2再减去5度，就是吗？

恩，不把GC夹算在内
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9楼2010-12-12 20:03:58
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ymjxl123

木虫 (著名写手)

大家好，小妹即将生宝宝 ，祈求祝福 谢谢

★
clearth(金币+1):谢谢参与
太简单啦 兄弟  梯度 pcr  或者降落式pcr
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10楼2010-12-12 20:25:56
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clearth

木虫之王 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by ymjxl123 at 2010-12-12 20:25:56:
太简单啦 兄弟  梯度 pcr  或者降落式pcr

你能帮忙设计一个程序吗，谢谢啊，重金感谢
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11楼2010-12-12 21:52:34
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ymjxl123

木虫 (著名写手)
clearth(金币+10): 2010-12-27 09:10:58
引用回帖:
Originally posted by clearth at 2010-12-12 21:52:34:

你能帮忙设计一个程序吗，谢谢啊，重金感谢

1 梯度pcr要有机器才行，对于降落式pcr网上条件很多，
：从85℃—>54℃（每4cycles降退火温度5℃），再在54℃退火温度下做18个循环
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12楼2010-12-14 17:52:12
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ymjxl123

木虫 (著名写手)

大家好，小妹即将生宝宝 ，祈求祝福 谢谢

引用回帖:
Originally posted by clearth at 2010-12-12 21:52:34:

你能帮忙设计一个程序吗，谢谢啊，重金感谢

1 梯度pcr要有机器才行，对于降落式pcr网上条件很多，
：从85℃—>54℃（每4cycles降退火温度5℃），再在54℃退火温度下做18个循环
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13楼2010-12-14 17:52:52
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