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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】如何合并文件 pdb psf
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ouczhouyi

铜虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】如何合并文件 pdb psf 已有3人参与

因为vmd中solvate只能加一次水，请教高手，说单独造一个水盒子，再合并一下文件就行，但不知如何操作，要是复制起来好像非常麻烦，故请教大家了，谢谢了
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1楼 2010-12-01 20:43:33
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leewz922

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
没听明白您的意思，详细说下你想怎么做？
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2楼2010-12-02 21:04:43
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ouczhouyi

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by leewz922 at 2010-12-02 21:04:43:
没听明白您的意思，详细说下你想怎么做？

就是将单独造的两个模型，合并到一起，也就是pdb psf文件的合并
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3楼2010-12-03 11:16:54
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wally8962

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
加几次水都没问题。注意用个以前没用过的segname就行了。

合并两个文件也要没有相同的segname
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4楼2010-12-03 11:59:13
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leewz922

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+2):谢谢 2010-12-03 22:48:45
把两个pdb做为两个segment，调用VMD的psfgen，把坐标读入，然后输出的时候，就能把这两个都写到一块了。你可以看看如何制作psf文件的教程，应该能解决你想要解决的问题。

[ Last edited by leewz922 on 2010-12-3 at 19:47 ]
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5楼2010-12-03 19:46:44
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