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ap

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】请教PCR条件优化

以真菌基因组为模板PCR基因,得到的目的带很弱,请教如何优化PCR条件

目的片段为1141bp,
第一次PCR电泳图请见图1

真菌A的基因组作为模板
1~6,7~12为不同的引物,分别为引物对m和引物对n(引物对m和引物对n的3‘端一样,5’有不同的酶切位点和保护碱基)
1~3 基因组模板未稀释,1~3,退火温度分别为47,49,50
4~6基因组模板稀释10* ,4~6退火温度分别为47,49,50
分析发现,模板不稀释,PCR产物较浓,模板稀释10倍,影响不大,退火温度高时,PCR产物产量较小。

第二次PCR电泳图请见图2

真菌A和B的基因组作为模板
引物为n
1,2  分别为B菌种基因组稀释10*,100*,作为模板
3~6为菌种A 基因组为模板
3,4为基因组10*稀释,分别为退火温度50, 52
5,6为基因组100倍稀释,分别为退火温度50, 52
结论:1,100*稀释PCR产物太淡
      2,52℃退火比50℃退火杂带少
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taigongzaici

新虫 (小有名气)

ap(金币+10): 2010-10-17 19:05:11
楼主这属于特异扩增,一般说来,你加的不同的酶切位点和保护碱基应该影响不大,看得出,你的非特异带很多,你想了办法,提高退火,杂带有所减少,说明退火温度有点作用,但是你的目的带还是很弱。
根据你的图,我觉得,你可以把延伸时间缩短点,也许能去掉那些大片段,
你的目的带很弱,是否可以把模板不稀释,直接上2微升试试看

此外,你的目的应该i是回收然后酶切,要是实在还是不好弄,多做几管,回收应该没有问题的,呵呵,你觉得呢
2楼2010-10-17 18:53:58
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ap

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by taigongzaici at 2010-10-17 18:53:58:
楼主这属于特异扩增,一般说来,你加的不同的酶切位点和保护碱基应该影响不大,看得出,你的非特异带很多,你想了办法,提高退火,杂带有所减少,说明退火温度有点作用,但是你的目的带还是很弱。
根据你的图,我 ...

谢谢!
不稀释的模板在之前做过,和稀释十倍的差不多。
我也想如果实在没办法,就切胶回收试试看。
非常感谢!
3楼2010-10-17 19:07:21
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taigongzaici

新虫 (小有名气)

★ ★
dhd997(金币+2):谢谢交流。 2010-10-17 20:04:45
引用回帖:
Originally posted by ap at 2010-10-17 19:07:21:

谢谢!
不稀释的模板在之前做过,和稀释十倍的差不多。
我也想如果实在没办法,就切胶回收试试看。
非常感谢!

很乐意交流,我兼并引物做过同源克隆,开始我老是跑不出来,设计N多引物,最后我一生气,直接把cNDA(没稀释的原液)加了4微升(PCR是20体系的),立马出带了,虽然说模板过多可能弥散,但是也是很有效的,你不妨试试看
4楼2010-10-17 19:14:31
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虫子火箭兵

金虫 (正式写手)

好好做块胶吧,琼脂糖浓度加大点
5楼2010-10-17 23:24:08
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ap

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by 虫子火箭兵 at 2010-10-17 23:24:08:
好好做块胶吧,琼脂糖浓度加大点

能具体解释吗?谢谢!
6楼2010-10-18 08:56:59
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amilie030312

金虫 (正式写手)


dhd997(金币+1):谢谢交流。 2010-10-18 09:51:16
ap(金币+2): 2010-10-18 11:09:45
引用回帖:
Originally posted by ap at 2010-10-17 18:33:45:
以真菌基因组为模板PCR基因,得到的目的带很弱,请教如何优化PCR条件

目的片段为1141bp,
第一次PCR电泳图请见图1

真菌A的基因组作为模板
1 ...

这人老手了
要我出这结果我肯定不稀释,先提高温度试试看,升高温度杂带肯定会相应的减少,如果能达到结果就完美了,如果目的片段也跟着没了就说明这对引物不是很好,需要像楼上说的只能现在把目的片段切胶回收了再扩了。不用担心样本浓度大出弥散,起码你现在没稀释的情况都片段不是很亮呢,所以这方面没问题。
另外,片段越小琼脂糖胶的浓度应该越高。
7楼2010-10-18 09:47:16
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蓝天白云haha

银虫 (正式写手)

这块胶确实做的不好,条带都扭曲了
8楼2010-10-21 10:27:44
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lxjwishes

银虫 (正式写手)

引物不特异  重先弄一对引物吧
pleasemywings,flymeaway.
9楼2010-10-21 11:24:20
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langduiyue

银虫 (小有名气)

LZ,    因为你做了两组引物,明显两者有一定的差异。建议LZ可以再查看一下是不是引物的问题是不是存在二聚体,茎环。
不知LZ引物有多长,如果是长引物的话,建议做一下退火温度 和时间的梯度实验室,因为长引物缩短退火时间比较好。最后再查看一下扩增片段的TM值的情况,着情调整一下 延伸温度
角逐自我
10楼2010-10-21 12:49:04
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