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ap

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】请教PCR条件优化

以真菌基因组为模板PCR基因,得到的目的带很弱,请教如何优化PCR条件

目的片段为1141bp,
第一次PCR电泳图请见图1

真菌A的基因组作为模板
1~6,7~12为不同的引物,分别为引物对m和引物对n(引物对m和引物对n的3‘端一样,5’有不同的酶切位点和保护碱基)
1~3 基因组模板未稀释,1~3,退火温度分别为47,49,50
4~6基因组模板稀释10* ,4~6退火温度分别为47,49,50
分析发现,模板不稀释,PCR产物较浓,模板稀释10倍,影响不大,退火温度高时,PCR产物产量较小。

第二次PCR电泳图请见图2

真菌A和B的基因组作为模板
引物为n
1,2  分别为B菌种基因组稀释10*,100*,作为模板
3~6为菌种A 基因组为模板
3,4为基因组10*稀释,分别为退火温度50, 52
5,6为基因组100倍稀释,分别为退火温度50, 52
结论:1,100*稀释PCR产物太淡
      2,52℃退火比50℃退火杂带少
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amilie030312

金虫 (正式写手)


dhd997(金币+1):谢谢交流。 2010-10-18 09:51:16
ap(金币+2): 2010-10-18 11:09:45
引用回帖:
Originally posted by ap at 2010-10-17 18:33:45:
以真菌基因组为模板PCR基因,得到的目的带很弱,请教如何优化PCR条件

目的片段为1141bp,
第一次PCR电泳图请见图1

真菌A的基因组作为模板
1 ...

这人老手了
要我出这结果我肯定不稀释,先提高温度试试看,升高温度杂带肯定会相应的减少,如果能达到结果就完美了,如果目的片段也跟着没了就说明这对引物不是很好,需要像楼上说的只能现在把目的片段切胶回收了再扩了。不用担心样本浓度大出弥散,起码你现在没稀释的情况都片段不是很亮呢,所以这方面没问题。
另外,片段越小琼脂糖胶的浓度应该越高。
7楼2010-10-18 09:47:16
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