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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】分子动力学模拟尺度问题？
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aidelingyu

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】分子动力学模拟尺度问题？ 已有6人参与

本人初学分子模拟，想请教各位大侠，分子动力学最大模拟尺度是多少？看文献说时间尺度是纳秒级，一般空间尺度是多少？时间尺度能模拟的更长嘛？
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1楼 2010-09-14 09:43:26
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lei0736

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+5):谢谢Lei版主的解答 2010-09-14 10:16:38
如MD 看你的机器配置了 LANL有人做过上百亿原子的
时间一般是纳秒 上千纳秒不就是微秒级别了
不过要看看有没必要做到这个时间 空间 尺度
有的事件在皮秒 纳秒内就发生了 有必要跑到微秒吗？
有的事件在宏观时间尺度内才能完成 显然用MD是不行的
其次空间尺度的问题 如果是周期体系显然不用上亿原子
具体问题具体分析

MC模拟就没有时间限制 仅仅从热力学考虑 当然也就在动力学方面有欠缺
KMC在MC的基础上增加了时间关联 模拟的时间空间尺度大为扩展 但是也有一些固有缺点 对复杂过程的处理棘手
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2楼2010-09-14 09:52:32
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aidelingyu

银虫 (小有名气)
★ ★
zh1987hs(金币+2):鼓励有价值的探讨 2010-09-14 10:16:59
引用回帖:
Originally posted by lei0736 at 2010-09-14 09:52:32:
如MD 看你的机器配置了 LANL有人做过上百亿原子的
时间一般是纳秒 上千纳秒不就是微秒级别了
不过要看看有没必要做到这个时间 空间 尺度
有的事件在皮秒 纳秒内就发生了 有必要跑到微秒吗？
有的事件在宏观 ...

谢谢楼上大侠，我现在想做页岩气的微观渗流机理，页岩中有孔隙和裂缝，页岩的孔隙尺度为几纳米到几百纳米，一般在几十纳米，一部分页岩气吸附在孔隙和孔隙中有机颗粒表面，一部分页岩气游离在孔隙中以自由气的形式存在，页岩气的产出机理是：首先，自由气从孔隙中扩散到裂缝中，然后吸附在孔隙和有机颗粒的页岩气解吸，最后由于解吸导致有机颗粒粒间页岩气浓度与有机颗粒表面的浓度差，然后粒间的页岩气扩散到有机颗粒表面，然后再吸附，扩散。如果我要模拟这个过程的话，有什么分子模拟方法比较合适？能用现成的软件吗？

[ Last edited by aidelingyu on 2010-9-14 at 10:15 ]
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3楼2010-09-14 10:14:25
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zyj8119

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
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Originally posted by aidelingyu at 2010-09-14 10:14:25:

谢谢楼上大侠，我现在想做页岩气的微观渗流机理，页岩中有孔隙和裂缝，页岩的孔隙尺度为几纳米到几百纳米，一般在几十纳米，一部分页岩气吸附在孔隙和孔隙中有机颗粒表面，一部分页岩气游离在孔隙中以自由气的形 ...

自己编程。。。。。。。。。。。。。。
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好好学习，天天向上。
4楼2010-09-14 10:35:16
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aidelingyu

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-09-14 10:35:16:

自己编程。。。。。。。。。。。。。。

用哪种方法处理比较合适那？MD 还是MC还是其他的方法？
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5楼2010-09-14 10:49:22
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zyj8119

木虫 (著名写手)
★ ★
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zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-09-14 11:07:03
引用回帖:
Originally posted by aidelingyu at 2010-09-14 10:49:22:

用哪种方法处理比较合适那？MD 还是MC还是其他的方法？

MD
6楼2010-09-14 10:53:25
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lei0736

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
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zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-09-14 17:57:41
这么复杂的过程 应该可以分成几个阶段吧 也许要用到多种模拟方法 同时考虑各种近似  建立相应的物理模型 很难有某种方法适应你所说的过程 考虑到这么多细节及影响因素 全程模拟并得到合理的结果 这种工作量应该超出一般博士论文的内容
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7楼2010-09-14 13:35:17
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wpllzx

铜虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
赞同楼上的说法。
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8楼2010-09-14 15:12:37
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wpllzx

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by lei0736 at 2010-09-14 13:35:17:
这么复杂的过程 应该可以分成几个阶段吧 也许要用到多种模拟方法 同时考虑各种近似  建立相应的物理模型 很难有某种方法适应你所说的过程 考虑到这么多细节及影响因素 全程模拟并得到合理的结果 这种工作量应该超 ...

赞同该说法。
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9楼2010-09-14 15:13:39
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aidelingyu

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by lei0736 at 2010-09-14 13:35:17:
这么复杂的过程 应该可以分成几个阶段吧 也许要用到多种模拟方法 同时考虑各种近似  建立相应的物理模型 很难有某种方法适应你所说的过程 考虑到这么多细节及影响因素 全程模拟并得到合理的结果 这种工作量应该超 ...

谢谢楼上各位，这是我博士论文要做的内容，但是以前搞油气藏宏观的多，现在老师给定这个题目，各位大侠有什么建议，希望多给小弟建议！
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10楼2010-09-14 15:31:15
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