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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】荧光定量PCR引物跨内含子的问题
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sulining

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】荧光定量PCR引物跨内含子的问题 已有9人参与

大家好，我知道做荧光定量要设计跨内含子的引物，跨内含子是什么意思呢？是上游引物或下游引物同时落在两个外显子上吗？还是上下游引物分别都落在两个外显子上呢？引物要靠5‘端设计还是3’端设计呢？谢谢回复！
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1楼 2010-08-31 19:45:45
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)
★ ★
amisking(金币+2): 2010-08-31 21:53:22
是上游引物或下游引物同时落在两个外显子上吗？

是

引物要靠5‘端设计还是3’端设计呢？

3，因为5端优先降解
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2楼2010-08-31 20:15:25
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njauzx

金虫 (小有名气)
★ ★
reasonspare(金币+2):谢谢分享。 2010-09-01 07:56:23


引物如图吧
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3楼2010-08-31 21:54:37
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yujiaping1

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
reasonspare(金币+2):谢谢分享。 2010-09-01 07:56:28
silicare:本版热烈欢迎海归~ 2010-09-01 08:27:16
是说上游引物或者下游引物中的一条同时落在两个外显子上，不含有内含子序列，因为mRNA不含有内含子，这样设计的引物只能检测出mRNA，而不能检测出基因组，对mRNA的定量就相对准确，想想原理你就明白跨内含子设计是什么意思了
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4楼2010-08-31 22:40:13
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sulining

新虫 (初入文坛)
谢谢大家
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5楼2010-09-02 08:50:08
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yangjie86

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我现在也在做这个，还停留在引物，探针设计阶段，常交流呀！
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莫回头看背后的身影。
6楼2010-09-02 16:32:21
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dayulee

木虫 (正式写手)

愚木虫
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我设计引物使用BD软件，你们都是用什么软件啊
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好好学习，天天向上
7楼2012-12-03 11:48:09
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孙小爽

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
7楼: Originally posted by dayulee at 2012-12-03 11:48:09
我设计引物使用BD软件，你们都是用什么软件啊

Primer 5.0也是可以的
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8楼2013-09-02 10:56:52
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2012continue

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
如果跨的内含子足够大,比如说大于1000bp，引物只要落在外显子上就行。如果跨的内含子比较小，比如说200bp，这时候就要注意其中一条引物应该横跨两个外显子即差不多一半序列在一个外显子上另一半序列在下一个外显子上。
赞一下 回复此楼
9楼2013-12-06 16:16:06
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potatobing

铜虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
9楼: Originally posted by 2012continue at 2013-12-06 16:16:06
如果跨的内含子足够大,比如说大于1000bp，引物只要落在外显子上就行。如果跨的内含子比较小，比如说200bp，这时候就要注意其中一条引物应该横跨两个外显子即差不多一半序列在一个外显子上另一半序列在下一个外显子上 ...

请问为什么要在两个外显子上面呢？
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10楼2014-08-19 14:35:46
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