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zhangwuhui

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】基因克隆实验为非目的片段? 已有16人参与

克隆实验问题
1、以cDNA为模板做PCR反应,得到的产物和预期的长度一样。
2、再用pMD-19载体连接目的片段,之后液体LB(含氨苄)200转震荡培养1-2小时,取300微升倒在LB平板培养24小时左右,以阳性菌落长到直径1-2毫米为止;再挑3-5个阳性单克隆放大培养24小时左右。
3、裂解菌体,4°C ,12 000 g ,离心20-30分钟,得到质粒。
4、PCR检测所得质粒(引物为M13-47, RV-M),得到了目的片段大小的产物(稍长些)。
5、送质粒测序(使用通用引物M13-47),但是测序结果却是如下其概况:在载体插入点之间的序列BLAST后,显示为杆菌等细菌的片段,共送了10个样品均是如此(本实验应该是动物的序列),看来不是空载,难道是载体连接上了细菌的一段序列,为什么会插入细菌片段呢,而且长度就这么巧!还是其他什么原因呢,恳请赐教!

[ Last edited by zhangwuhui on 2010-7-29 at 18:31 ]
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canon-ph

铜虫 (小有名气)

★
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测序时的菌污染了吧 一般后面验证时大小不对 测序就不对了 重新做 小心污染  就好了
6楼2010-07-27 11:00:13
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sunyongle1

木虫 (正式写手)

★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
样品是不是有污染了?比如就是杆菌的污染。
2楼2010-07-25 21:02:34
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jhon86

金虫 (小有名气)

★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
也许是载体发生自连接……或许是细菌之间发生质粒接合转移作用!
3楼2010-07-25 23:03:21
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yujiaping1

木虫 (著名写手)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
scelab(金币+2):谢谢交流 2010-10-22 21:48:15
我想知道楼主做的是什么基因,在杆菌中存在吗?
感觉你不是测序有问题,就是blast的序列不对,你的克隆应该是阳性的

建议你做PCR时,做阴性对照看一下
4楼2010-07-25 23:28:53
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