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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】PCR产物测序，与推测相差50bp，why？
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飘在海上的雪

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】PCR产物测序，与推测相差50bp，why？已有3人参与

我设计兼并引物，根据相近物种的序列，推测pcr产物的长度应该大于260bp，点用结果显示大于250bp，但是测序结果却只有205bp，并且找不到上游引物，下游引物也不是十分完整，怎么回事？
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不在沉默中爆发，就在沉默着死亡！
1楼2010-06-27 22:39:48
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ben1147

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
是直接PCR产物测序还是连载体之后测序？
如果是直接测序的话，可能是有其他的引物结合位点，而且开头几个碱基也测不准

如果是后者
载体上通用引物和你的PCR引物离得多远？
要是离得比较远的话，PCR引物找不到就有问题了，多挑几个克隆侧
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3楼2010-06-27 23:06:14
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fungixx

至尊木虫 (文坛精英)

优秀版主优秀版主优秀版主
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
你有没有根近源基因序列比对一下，看看同源性高吧；Blast下看看吧。。。
估计你的很可能是是单引物扩增。。。
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几年前踏上火车那一刻都还没有意识到,从此故乡只有冬夏,再无春秋
2楼2010-06-27 22:57:46
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飘在海上的雪

木虫 (正式写手)
我直接测序的PCR产物，blast结果不好，重复之间才89%，跟同一目的已知物种比对，相似的都小于40bp。

[ Last edited by 飘在海上的雪 on 2010-6-28 at 08:30 ]
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不在沉默中爆发，就在沉默着死亡！
4楼2010-06-28 08:27:18
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