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zzup

金虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】反向PCR的问题 已有4人参与

最近在做反向PCR寻找启动子序列,随机对基因组酶切,环化以后做PCR总是很有许多条带,换条件减少非特异性扩增以后,还是有好几条带,而且电泳图都不怎么亮,求教是怎么回事?很郁闷。。
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zemin_fang

木虫 (正式写手)

zzup(金币+1): 2010-06-24 20:15:12
在已知1000bp距离两端50-100bp处设计两个特异性引物,酶切产物一定要充分消化,连接体系中分子数要少。
4楼2010-06-24 20:00:31
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fungixx

至尊木虫 (文坛精英)

优秀版主优秀版主优秀版主

zzup(金币+1): 2010-06-24 19:43:11
设计几条基因特异性引物,做巢氏pcr可以降低非特异性扩增
几年前踏上火车那一刻都还没有意识到,从此故乡只有冬夏,再无春秋
2楼2010-06-24 16:58:12
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zzup

金虫 (初入文坛)

我是随机的酶切后做自身连接环化,环化后DNA大小也不知,就知道个1000多bp的功能基因序列,根本没办法设计两对引物巢式P
3楼2010-06-24 19:44:44
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ben1147

木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★
amisking(金币+4):很好的意见! 2010-06-24 20:18:53
首先确定引物本身特异性不能太差,1000多bp的已知序列,余地不小了,设计两对比较好的引物应该不难吧?反向PCR里巢式还是建议要做的。引物实在不好设计的话至少也要设计三条引物,一边不变一边巢式。

连接体系中DNA的终浓度是多少?浓度过高的话倾向于分子间连接,P出来就会有非特异条带。酶切产物纯化之后测一下浓度,比较高的话要稀释一下。理论上讲连接体系里DNA终浓度最好低于3ng/uL

另外做反向本来就是一个碰运气的过程,一定多用几种酶切。有时候自连是成功的,但是两引物间距离太长,超过了Taq酶所能扩增的能力,也会P不出来,引物不能被消耗,非特异扩增就出来了。用上五六种以上酶,至少总有一种大小是合适的

又有非特异扩增,目的条带又不亮的话,还是建议优化一下PCR的条件
5楼2010-06-24 20:05:24
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