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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 【求助/交流】有没有会用PHYLIP做进化树的交流一下？
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movren

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】有没有会用PHYLIP做进化树的交流一下？ 已有6人参与

看一篇文献中用PHYLIP软件包中的的Neighbor-Joining缺省参数画进化树。
研究了一下这个软件，大多讲的是输入序列或者参数来构建系统发生树，但是我这边是对每个物种提取一系列参数，每个物种构成一组数据，然后再形成物种间的距离矩阵，现在搞不清楚如何将矩阵用软件包来进行计算，用什么样的格式输入我的矩阵我也不太明白，请各位高手进来帮忙看一下吧，谢谢了。
ps，看过一篇北大学报上的一篇文章，也是这样做的，这是他说的步骤
==========================================
(1) 从序列数据库获得序列文件,处理成为适合压缩的文本样式;
(2) 对任意两物种序列进行拼接,利用Gencompress 压缩序列;
(3) 根据距离矩阵元定义,计算S′AB ,获得距离矩阵;
(4) 利用PHYLIP 软件包中的Neighbor2Joining[11 ] 缺省参数画进化树;
(5) 用treeview 软件(http Ptaxonomy. zoology. gla. ac. ukP rodP rod. html) 显示结果。
=============================================
不知道我理解的对不对，应该也是这样做吧。
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1楼 2010-06-21 09:50:46
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movren

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by won7 at 2010-06-29 16:51:02:
距离矩阵的格式可以在记事本上输入：

      n
S1  
S2        0.4
S3        0.3 0.5
S4        0.2 0.6 0.4
.
.
.
Sn        0.3 0.4 0.5 0.6 ...........

序列名与距离数据要隔开2-7个空格，距离 ...

========================================
我这就试试，十分感谢啊
赞一下 回复此楼
8楼2010-06-29 21:55:56
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won7

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
dhd997(金币+1):谢谢交流。 2010-06-24 21:30:37
简单的说吧：用CLUSTAL对序列进行比对，并保存成PHY格式，利用PHYLIP 软件包中的Neighbor2Joining构树，最后用用treeview 软件察看树的结果。至于中间距离矩阵，如你不用，可以不管，Neighbor2Joining构树过程会自动计算的。

但更常用MEGA来构NJ树，比PHYLIP 直观好用。
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3楼2010-06-24 16:26:27
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movren

新虫 (初入文坛)
呵呵，给自己增加点人气
赞一下 回复此楼
6楼2010-06-27 09:57:50
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won7

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
看天(金币+2):热心 2010-06-29 16:58:43
距离矩阵的格式可以在记事本上输入：

      n
S1  
S2        0.4
S3        0.3 0.5
S4        0.2 0.6 0.4
.
.
.
Sn        0.3 0.4 0.5 0.6 ...........

序列名与距离数据要隔开2-7个空格，距离数据间隔一个空格，数据要对齐，保存成phy格式，或txt格式也行。输入是把路径输进去就可以，注意后缀phy, txt也要输。
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7楼2010-06-29 16:51:02
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