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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】NCBI blast 具体
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zouting

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】NCBI blast 具体 已有5人参与

鉴定细菌，提取DNA，PCR扩增16s rRNA并测序得到序列，要NCBI blast 搜索，不知道用BLAST Assembled Genomes，还是Basic BLAST？如果选前者，请具体说明一下怎么操作。如果用后者的nucleotide blast，Choose Search Set中的Database应该选哪一个呀？谢谢了。
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1楼 2010-06-12 16:57:37
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rabbit9355

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by mazhenning at 2010-06-12 22:25:58:
是二者比对，还是从数据库中搜索与你的序列相似性最高的？
如果是后者，到NCBI的blast页面，选择nucleotide blast，数据库选others，也就是（nr/nt）.
不知道我有没有理解你的意思，呵呵。

能不能给我也发一个？cherrychj@163.com
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7楼2010-06-25 19:54:39
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mazhenning

新虫 (初入文坛)
★ ★
scelab(金币+2):你最好弄几张图上来，呵呵 2010-06-12 22:56:15
zouting(金币+1):是搜索序列相似性最高的，谢谢 2010-06-14 08:58:55
是二者比对，还是从数据库中搜索与你的序列相似性最高的？
如果是后者，到NCBI的blast页面，选择nucleotide blast，数据库选others，也就是（nr/nt）.
不知道我有没有理解你的意思，呵呵。
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2楼2010-06-12 22:25:58
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dhmdddd

木虫 (正式写手)
★
zouting(金币+1): 2010-06-14 08:56:54
lstt09nk(金币+1):很热心~~ 2010-06-14 21:56:17
论坛里好象有怎么用NCBI的中文版，你搜下了，如果不行的话你的邮箱？给你发过去！！
赞一下(1人) 回复此楼
上班族，学习ing……
3楼2010-06-13 10:12:35
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zouting

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by mazhenning at 2010-06-12 22:25:58:
是二者比对，还是从数据库中搜索与你的序列相似性最高的？
如果是后者，到NCBI的blast页面，选择nucleotide blast，数据库选others，也就是（nr/nt）.
不知道我有没有理解你的意思，呵呵。

比对过了，看来是我提的不纯或者是引物特异性还不够，比对出来好多都是99%的
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4楼2010-06-14 09:06:28
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