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zouting

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】NCBI blast 具体 已有5人参与

鉴定细菌,提取DNA,PCR扩增16s rRNA并测序得到序列,要NCBI blast 搜索,不知道用BLAST Assembled Genomes,还是Basic BLAST?如果选前者,请具体说明一下怎么操作。如果用后者的nucleotide blast,Choose Search Set中的Database应该选哪一个呀?谢谢了。
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zouting

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by mazhenning at 2010-06-12 22:25:58:
是二者比对,还是从数据库中搜索与你的序列相似性最高的?
如果是后者,到NCBI的blast页面,选择nucleotide blast,数据库选others,也就是(nr/nt).
不知道我有没有理解你的意思,呵呵。

比对过了,看来是我提的不纯或者是引物特异性还不够,比对出来好多都是99%的
4楼2010-06-14 09:06:28
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mazhenning

新虫 (初入文坛)

★ ★
scelab(金币+2):你最好弄几张图上来,呵呵 2010-06-12 22:56:15
zouting(金币+1):是搜索序列相似性最高的,谢谢 2010-06-14 08:58:55
是二者比对,还是从数据库中搜索与你的序列相似性最高的?
如果是后者,到NCBI的blast页面,选择nucleotide blast,数据库选others,也就是(nr/nt).
不知道我有没有理解你的意思,呵呵。
2楼2010-06-12 22:25:58
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dhmdddd

木虫 (正式写手)


zouting(金币+1): 2010-06-14 08:56:54
lstt09nk(金币+1):很热心~~ 2010-06-14 21:56:17
论坛里好象有怎么用NCBI的中文版,你搜下了,如果不行的话你的邮箱?给你发过去!!
上班族,学习ing……
3楼2010-06-13 10:12:35
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zouting

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by dhmdddd at 2010-06-13 10:12:35:
论坛里好象有怎么用NCBI的中文版,你搜下了,如果不行的话你的邮箱?给你发过去!!

恩,我有一个PDF 介绍的,但是不是很清楚。麻烦你发一个给我吧,zouting0723@163.com
谢谢了
5楼2010-06-14 09:08:22
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