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zouting

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[交流] 【求助/交流】NCBI blast 具体已有5人参与

鉴定细菌，提取DNA，PCR扩增16s rRNA并测序得到序列，要NCBI blast 搜索，不知道用BLAST Assembled Genomes，还是Basic BLAST？如果选前者，请具体说明一下怎么操作。如果用后者的nucleotide blast，Choose Search Set中的Database应该选哪一个呀？谢谢了。

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1楼2010-06-12 16:57:37

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zouting

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引用回帖:

Originally posted by mazhenning at 2010-06-12 22:25:58:
是二者比对，还是从数据库中搜索与你的序列相似性最高的？
如果是后者，到NCBI的blast页面，选择nucleotide blast，数据库选others，也就是（nr/nt）.
不知道我有没有理解你的意思，呵呵。

比对过了，看来是我提的不纯或者是引物特异性还不够，比对出来好多都是99%的