应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】如何将sdf文件转换成mol2文件
261/3返回列表123下一页
查看: 11403  |  回复: 25
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

jbolid

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】如何将sdf文件转换成mol2文件 已有8人参与

如何将sdf格式的多个小分子文件装换成mol2文件，用于sybyl药物筛选啊、

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 20:53 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子对接 机器学习

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2009-09-19 14:46:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

iamcuizhen

新虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
sybyl conford 怎么将sdf 转化成mol2，有谁告诉我，谢谢了
赞一下(2人) 回复此楼
21楼2012-02-09 17:09:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★
zeoliters(金币+1,VIP+0):谢谢回帖交流！ 9-19 15:55
OpenBabel
回复此楼
2楼2009-09-19 16:35:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★
zeoliters(金币+1,VIP+0):谢谢回帖交流！ 9-19 15:55
SYBYL中的Concord，或者用SPL语言编写自动转化。很简单。
赞一下(10人) 回复此楼
除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
3楼2009-09-19 21:47:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bbslover

金虫 (正式写手)
★
mingdong(金币+1,VIP+0):感谢交流！ 9-20 01:44
可是转化后，有的原子类型，和键不对啊
赞一下(10人) 回复此楼
4楼2009-09-19 22:55:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
fegg7502(金币+2,VIP+0):thank you very much! 9-20 17:33
jbolid(金币+2,VIP+0):我按他的方法做了，结果可以 9-24 09:11
1。保证sdf文件中的健没有问题。2。concord转化中要选择带电荷。

我转了近三百万小分子，个别报错，还是很不错的。
赞一下(11人) 回复此楼
除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
5楼2009-09-20 08:58:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jbolid

金虫 (小有名气)
谢谢各位，我用sybyl里的concord模块解决了问题
赞一下 回复此楼
6楼2009-09-24 09:14:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

_steven

木虫 (正式写手)
★
mingdong(金币+1,VIP+0):感谢交流！ 9-25 16:31
可以试试I-interpret，http://www.sioc-ccbg.ac.cn/software/I-interpret/
赞一下(10人) 回复此楼
7楼2009-09-24 22:47:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bbslover

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2009-9-20 08:58:
1。保证sdf文件中的健没有问题。2。concord转化中要选择带电荷。

我转了近三百万小分子，个别报错，还是很不错的。

Concord哪个选项有带电荷啊，我怎么没有找到呢，帮帮忙！
赞一下 回复此楼
8楼2009-11-04 13:55:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bbslover

金虫 (正式写手)
哦，是不是 minimize energy with electrostatics?
赞一下 回复此楼
9楼2009-11-04 14:00:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by bbslover at 2009-11-4 14:00:
哦，是不是 minimize energy with electrostatics?

Excellent
回复此楼
除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
10楼2009-11-04 17:56:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 jbolid 的主题更新
261/3返回列表123下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 0703化学调剂 ，六级已过，有科研经历 +12 曦熙兮 2026-03-15 12/600 2026-03-19 19:42 by maocaozhuxi
[考研] 288求调剂，一志愿华南理工大学071005 +5 ioodiiij 2026-03-17 5/250 2026-03-19 18:22 by zcl123
[考研] 复试调剂 +4 z1z2z3879 2026-03-14 6/300 2026-03-19 17:18 by fei626-918
[考研] 271材料工程求调剂 +6 .6lL 2026-03-18 6/300 2026-03-19 15:41 by haoshis
[考研] 一志愿南昌大学，327分，材料与化工085600 +3 Ncdx123456 2026-03-19 3/150 2026-03-19 13:18 by houyaoxu
[考研] 274求调剂 +6 S.H1 2026-03-18 6/300 2026-03-19 09:34 by 花店相见
[考研] 311求调剂 +11 冬十三 2026-03-15 12/600 2026-03-18 14:36 by 星空星月
[考研] 331求调剂（0703有机化学 +7 ZY-05 2026-03-13 8/400 2026-03-18 14:13 by 007_lilei
[考研] 303求调剂 +4 睿08 2026-03-17 6/300 2026-03-18 11:01 by Iveryant
[考研] 265求调剂 +3 梁梁校校 2026-03-17 3/150 2026-03-18 09:12 by zhukairuo
[考研] 290求调剂 +3 p asserby. 2026-03-15 4/200 2026-03-17 16:35 by wangkm
[考博] 26申博 +4 八6八68 2026-03-16 4/200 2026-03-17 13:00 by 轻松不少随
[考研] 278求调剂 +3 Yy7400 2026-03-13 3/150 2026-03-17 08:24 by laoshidan
[考研] [导师推荐]西南科技大学国防/材料导师推荐 +3 尖角小荷 2026-03-16 6/300 2026-03-16 23:21 by 尖角小荷
[考研] 东南大学364求调剂 +5 JasonYuiui 2026-03-15 5/250 2026-03-16 21:28 by 木瓜膏
[考研] 326求调剂 +4 诺贝尔化学奖觊� 2026-03-15 7/350 2026-03-16 17:11 by 诺贝尔化学奖觊�
[考研] 求老师收留调剂 +4 jiang姜66 2026-03-14 5/250 2026-03-15 20:11 by Winj1e
[考研] 294求调剂 +3 Zys010410@ 2026-03-13 4/200 2026-03-15 10:59 by zhq0425
[考研] 085601材料工程315分求调剂 +3 yang_0104 2026-03-15 3/150 2026-03-15 10:58 by peike
[考研] 中科大材料与化工319求调剂 +3 孟鑫材料 2026-03-14 3/150 2026-03-14 20:10 by ms629
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭