应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Hyperchem » 如何把.gjf文件转换为.mol文件
141/2返回列表12下一页
查看: 4778  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

向日葵2012

铜虫 (小有名气)

[求助] 如何把.gjf文件转换为.mol文件

做MD计算，处理数据时用Chem3D打开时有太多的水分子看不清楚离子间成键情况，考虑把.gjf文件转换为.mol文件在Hyperchem中打开以便删去多余不成键的水分子，观察生成的离子簇情况
本人新手，望路过的大侠指导一二，定不胜感激。。。。。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
勿忘心安
1楼 2013-11-21 14:33:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-11-21 15:22:39
向日葵2012: 金币+8, ★有帮助, 辛苦啦，谢谢你的回答！ 2013-11-26 08:48:45
gjf格式？这个格式不是高斯计算的输入文件格式吗？如果想把这个转存成mol或者mol2格式，直接用GaussianView打开这个gjf文件，然后另存成mol格式的文件就可以了。
赞一下(1人) 回复此楼
努力的生活着
2楼2013-11-21 14:38:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-11-22 14:30:18
引用回帖:
5楼: Originally posted by 向日葵2012 at 2013-11-21 18:47:00
那推荐一下唄，我试试看...

使用我之前说的GaussianView就可以实现格式转存功能。
赞一下(1人) 回复此楼
努力的生活着
6楼2013-11-21 18:52:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

向日葵2012

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wangyan10 at 2013-11-21 14:38:39
gjf格式？这个格式不是高斯计算的输入文件格式吗？如果想把这个转存成mol或者mol2格式，直接用GaussianView打开这个gjf文件，然后另存成mol格式的文件就可以了。

我试了，可是直接保存为.mol文件后在Chem3D
中打不开呀
赞一下 回复此楼
勿忘心安
3楼2013-11-21 17:11:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-11-22 14:30:11
引用回帖:
3楼: Originally posted by 向日葵2012 at 2013-11-21 17:11:18
我试了，可是直接保存为.mol文件后在Chem3D
中打不开呀...

看图软件有那么多。。。为何纠结与Chem3D。。。
赞一下 回复此楼
努力的生活着
4楼2013-11-21 18:22:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

向日葵2012

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wangyan10 at 2013-11-21 18:22:47
看图软件有那么多。。。为何纠结与Chem3D。。。...

那推荐一下唄，我试试看
赞一下 回复此楼
勿忘心安
5楼2013-11-21 18:47:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

向日葵2012

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by wangyan10 at 2013-11-21 18:52:23
使用我之前说的GaussianView就可以实现格式转存功能。...

在GuassView中打开，然后保存为.mol文件，文件类型选择MDL Files((*.mol *.rxn *.sdf)
是这样吗？我试了，可是在Hyperchem中仍然是打不开呀，你这样做过吗？为什么我就是做不成功呢，会是哪儿的问题呢
赞一下 回复此楼
勿忘心安
7楼2013-11-22 15:45:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)
★
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2013-11-24 10:56:16
引用回帖:
7楼: Originally posted by 向日葵2012 at 2013-11-22 15:45:11
在GuassView中打开，然后保存为.mol文件，文件类型选择MDL Files((*.mol *.rxn *.sdf)
是这样吗？我试了，可是在Hyperchem中仍然是打不开呀，你这样做过吗？为什么我就是做不成功呢，会是哪儿的问题呢...

打不开的报错信息是什么？还有要确定你进行转存的模型结构是否正确。简单的这么说打不开，没有任何信息可供分析，是不可能解决问题的。
赞一下 回复此楼
努力的生活着
8楼2013-11-22 16:38:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

向日葵2012

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by wangyan10 at 2013-11-22 16:38:43
打不开的报错信息是什么？还有要确定你进行转存的模型结构是否正确。简单的这么说打不开，没有任何信息可供分析，是不可能解决问题的。...

保存为.mol文件时，出现这个提示：“a-REVCON-xyz-1.mol" is not a native ChemBio3D Ultrafile format. some information might be lost when saving as this file.
然后在Hyperchem中打开就不行了，应该是保存为.mol文件时部分信息丢失，但是该怎么解决呢，我还没有找到
赞一下 回复此楼
勿忘心安
9楼2013-11-22 17:10:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-11-24 10:56:26
引用回帖:
9楼: Originally posted by 向日葵2012 at 2013-11-22 17:10:25
保存为.mol文件时，出现这个提示：“a-REVCON-xyz-1.mol" is not a native ChemBio3D Ultrafile format. some information might be lost when saving as this file.
然后在Hyperchem中打开就不行了，应该是 ...

化合物的初始模型的搭建，可以不用Chem3D去构建。愿意很简单，因为你用这个自动生成出的结构，在保存mol格式的时候，一些信息是丢失了的。因此，在结构不复杂的情况下，可以考虑用别的软件（如GaussianView）来搭建你的分子模型，然后在这个软件中保存。
赞一下 回复此楼
努力的生活着
10楼2013-11-22 19:38:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 向日葵2012 的主题更新
141/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 求调剂 +3 13341 2026-03-20 3/150 2026-03-21 18:28 by 学员8dgXkO
[考研] 一志愿深大，0703化学，总分302，求调剂 +4 七月-七七 2026-03-21 4/200 2026-03-21 18:20 by 学员8dgXkO
[考研] 313求调剂 +4 肆叁贰壹22 2026-03-19 4/200 2026-03-21 17:33 by ColorlessPI
[考研] 26考研一志愿中国石油大学(华东)305分求调剂 +6 嘉年新程 2026-03-15 6/300 2026-03-21 17:07 by Dream007008
[考研] 265求调剂 +12 梁梁校校 2026-03-19 14/700 2026-03-21 13:38 by lature00
[考研] 0856材料专硕353求调剂 +3 NIFFFfff 2026-03-20 3/150 2026-03-21 10:23 by luoyongfeng
[考研] 316求调剂 +6 梁茜雯 2026-03-19 6/300 2026-03-21 06:32 by Ecowxq666！
[考研] 08工科 320总分 求调剂 +6 梨花珞晚风 2026-03-17 6/300 2026-03-21 03:40 by JourneyLucky
[考研] 华东师范大学-071000生物学-293分-求调剂 +3 研究生何瑶明 2026-03-18 3/150 2026-03-21 01:30 by JourneyLucky
[考研] 材料专硕英一数二306 +7 z1z2z3879 2026-03-18 7/350 2026-03-20 23:48 by JourneyLucky
[考研] 一志愿中南化学（0703）总分337求调剂 +8 niko- 2026-03-19 9/450 2026-03-20 21:57 by luoyongfeng
[考研] 319求调剂 +3 小力气珂珂 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:47 by JourneyLucky
[考研] 招收调剂硕士 +4 lidianxing 2026-03-19 12/600 2026-03-20 12:25 by lidianxing
[考研] 320求调剂0856 +3 不想起名字112 2026-03-19 3/150 2026-03-19 22:53 by 学员8dgXkO
[考研] 085600材料与化工调剂 324分 +10 llllkkkhh 2026-03-18 12/600 2026-03-19 14:33 by llllkkkhh
[考研] 【同济软件】软件（085405）考研求调剂 +3 2026eternal 2026-03-18 3/150 2026-03-18 19:09 by 搏击518
[考研] 0703化学调剂 +3 妮妮ninicgb 2026-03-17 3/150 2026-03-18 10:29 by macy2011
[考研] 生物学071000 329分求调剂 +3 我爱生物生物爱� 2026-03-17 3/150 2026-03-18 10:12 by macy2011
[考研] 有没有道铁/土木的想调剂南林，给自己招师弟中～ +3 TqlXswl 2026-03-16 7/350 2026-03-17 15:23 by TqlXswl
[考研] 327求调剂 +6 拾光任染 2026-03-15 11/550 2026-03-15 22:47 by 拾光任染
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭