应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Hyperchem » 如何把.gjf文件转换为.mol文件
71/1返回列表
查看: 4622  |  回复: 13
查看全部回帖@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

向日葵2012

铜虫 (小有名气)

[求助] 如何把.gjf文件转换为.mol文件

做MD计算，处理数据时用Chem3D打开时有太多的水分子看不清楚离子间成键情况，考虑把.gjf文件转换为.mol文件在Hyperchem中打开以便删去多余不成键的水分子，观察生成的离子簇情况
本人新手，望路过的大侠指导一二，定不胜感激。。。。。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
勿忘心安
1楼2013-11-21 14:33:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

向日葵2012

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wangyan10 at 2013-11-21 14:38:39
gjf格式？这个格式不是高斯计算的输入文件格式吗？如果想把这个转存成mol或者mol2格式，直接用GaussianView打开这个gjf文件，然后另存成mol格式的文件就可以了。

我试了，可是直接保存为.mol文件后在Chem3D
中打不开呀
赞一下 回复此楼
勿忘心安
3楼2013-11-21 17:11:18
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

向日葵2012

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wangyan10 at 2013-11-21 18:22:47
看图软件有那么多。。。为何纠结与Chem3D。。。...

那推荐一下唄，我试试看
赞一下 回复此楼
勿忘心安
5楼2013-11-21 18:47:00
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

向日葵2012

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by wangyan10 at 2013-11-21 18:52:23
使用我之前说的GaussianView就可以实现格式转存功能。...

在GuassView中打开，然后保存为.mol文件，文件类型选择MDL Files((*.mol *.rxn *.sdf)
是这样吗？我试了，可是在Hyperchem中仍然是打不开呀，你这样做过吗？为什么我就是做不成功呢，会是哪儿的问题呢
赞一下 回复此楼
勿忘心安
7楼2013-11-22 15:45:11
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

向日葵2012

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by wangyan10 at 2013-11-22 16:38:43
打不开的报错信息是什么？还有要确定你进行转存的模型结构是否正确。简单的这么说打不开，没有任何信息可供分析，是不可能解决问题的。...

保存为.mol文件时，出现这个提示：“a-REVCON-xyz-1.mol" is not a native ChemBio3D Ultrafile format. some information might be lost when saving as this file.
然后在Hyperchem中打开就不行了，应该是保存为.mol文件时部分信息丢失，但是该怎么解决呢，我还没有找到
赞一下 回复此楼
勿忘心安
9楼2013-11-22 17:10:25
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

向日葵2012

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by wangyan10 at 2013-11-22 19:38:09
化合物的初始模型的搭建，可以不用Chem3D去构建。愿意很简单，因为你用这个自动生成出的结构，在保存mol格式的时候，一些信息是丢失了的。因此，在结构不复杂的情况下，可以考虑用别的软件（如GaussianView）来搭建 ...

关键就是这儿呀，我的结构有1000多个水，不能直接用GaussianView搭建，我就用MD计算，考虑通过分析计算结果来看最后的离子和团簇；
然后在Chem3D中打开可以看到，就是水分子太多，因此才想在Hyperchem中打开，想删去多余不成键的水分子，便于观察一些
不知道我说的是不是清楚？？？
赞一下 回复此楼
勿忘心安
11楼2013-11-23 13:13:42
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 向日葵2012 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭