应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 高斯输出文件转化为mol2文件时出现问题 -c resp 与 -c bcc
61/1返回列表
查看: 2242  |  回复: 5
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

倩430

铁虫 (小有名气)

[求助] 高斯输出文件转化为mol2文件时出现问题 -c resp 与 -c bcc

将高斯输出文件转化为mol2文件时，使用命令如下
antechamber -i a.log -fi gout -o a.mol2 -fo mol2 -c resp
得到错误提示
unit   10 Error on open: ANTECHAMBER.ESP

unit     3 Error on open:qout

cannot open charge file to read:QOUT ,exit
而使用-c bcc时候就没有错误提示。请问这是什么原因导致的。两种方法分别适合什么时候用呢
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

amber

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼2012-10-27 18:58:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-10-30 08:54:55
-c后面的bcc和resp是两种不同的charge model。resp采用的方法是HF，而bcc采用AM1方法，这两者是不同的。http://ambermd.org/tutorials/adv ... resp_paper_jacs.pdf   这是一篇介绍resp charge model的原始文献，想了解的话可以看一下。至于哪种charge model适用于什么样的体系，自己做科研去领悟吧！这个不是一会半会能说明白的问题。
赞一下 回复此楼
努力的生活着
2楼2012-10-29 20:03:15
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lujunyan1118

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-10-30 08:55:05
你算高斯的文件使用antechamber生成的吗？
resp拟合的时候需要用到高斯log文件里面写的esp信息。要在gjf的头上加特殊关键字。如果gjf文件使用antechamber生成的，应该没有问题

一般用amber力场的话就用resp电荷，amber立场参数是这么来的。

bcc我不怎么用，bcc要快一些，不需要高斯算。可能做对接的时候，处理大批量小分子用用
赞一下 回复此楼
3楼2012-10-29 20:05:05
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

倩430

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by lujunyan1118 at 2012-10-29 20:05:05
你算高斯的文件使用antechamber生成的吗？
resp拟合的时候需要用到高斯log文件里面写的esp信息。要在gjf的头上加特殊关键字。如果gjf文件使用antechamber生成的，应该没有问题

一般用amber力场的话就用resp电荷 ...

高斯输入文件不是antechamber 生成的，用gassianview生成的.gif文件。自己修改部分后，内容如下
%chk=egcg.chk
%nprocshared=8
%mem=8000MB
# opt freq rb3lyp/6-31g

egcg.mol2

0 1
C                  0.18226000    1.41376000   -0.12743000
C                  1.37057000    2.14000000    0.07324000请问：如果用antechamber生成.gjf的话，生成之后还需要修改哪里（就是你说的关键词是哪个，难道改rb3lyp为HF吗）才能保证-resp这个命令能成功运行。
赞一下 回复此楼
4楼2012-10-30 17:26:13
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lujunyan1118

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-10-30 20:26:18
倩430: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2012-10-31 15:18:17
#B3LYP/6-31G* integral(Grid=UltraFine) pop(mk,readradii) scf=xqc iop(6/33=2)

我用的是这个，其中最主要的是iop(6/33=2)， 有它才能用log文件来拟合RESP
赞一下 回复此楼
5楼2012-10-30 19:51:42
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

倩430

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by lujunyan1118 at 2012-10-30 19:51:42
#B3LYP/6-31G* integral(Grid=UltraFine) pop(mk,readradii) scf=xqc iop(6/33=2)

我用的是这个，其中最主要的是iop(6/33=2)， 有它才能用log文件来拟合RESP

明白些了呵呵，就是说把那个加上就应该差不多了吧。我用antechamber生成的输入文件如下，貌似比我用gv，关键词多了好多呢
--Link1--
%chk=molecule
#HF/6-31G* SCF=tight Test Pop=MK iop(6/33=2) iop(6/42=6) opt
赞一下 回复此楼
6楼2012-10-31 15:17:16
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 倩430 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭