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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Hyperchem » 如何把.gjf文件转换为.mol文件
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向日葵2012

铜虫 (小有名气)

[求助] 如何把.gjf文件转换为.mol文件

做MD计算，处理数据时用Chem3D打开时有太多的水分子看不清楚离子间成键情况，考虑把.gjf文件转换为.mol文件在Hyperchem中打开以便删去多余不成键的水分子，观察生成的离子簇情况
本人新手，望路过的大侠指导一二，定不胜感激。。。。。
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勿忘心安
1楼 2013-11-21 14:33:40
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-11-21 15:22:39
向日葵2012: 金币+8, ★有帮助, 辛苦啦，谢谢你的回答！ 2013-11-26 08:48:45
gjf格式？这个格式不是高斯计算的输入文件格式吗？如果想把这个转存成mol或者mol2格式，直接用GaussianView打开这个gjf文件，然后另存成mol格式的文件就可以了。
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努力的生活着
2楼2013-11-21 14:38:39
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wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-11-22 14:30:18
引用回帖:
5楼: Originally posted by 向日葵2012 at 2013-11-21 18:47:00
那推荐一下唄，我试试看...

使用我之前说的GaussianView就可以实现格式转存功能。
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努力的生活着
6楼2013-11-21 18:52:23
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向日葵2012

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wangyan10 at 2013-11-21 14:38:39
gjf格式？这个格式不是高斯计算的输入文件格式吗？如果想把这个转存成mol或者mol2格式，直接用GaussianView打开这个gjf文件，然后另存成mol格式的文件就可以了。

我试了，可是直接保存为.mol文件后在Chem3D
中打不开呀
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勿忘心安
3楼2013-11-21 17:11:18
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wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-11-22 14:30:11
引用回帖:
3楼: Originally posted by 向日葵2012 at 2013-11-21 17:11:18
我试了，可是直接保存为.mol文件后在Chem3D
中打不开呀...

看图软件有那么多。。。为何纠结与Chem3D。。。
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努力的生活着
4楼2013-11-21 18:22:47
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向日葵2012

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wangyan10 at 2013-11-21 18:22:47
看图软件有那么多。。。为何纠结与Chem3D。。。...

那推荐一下唄，我试试看
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勿忘心安
5楼2013-11-21 18:47:00
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向日葵2012

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by wangyan10 at 2013-11-21 18:52:23
使用我之前说的GaussianView就可以实现格式转存功能。...

在GuassView中打开，然后保存为.mol文件，文件类型选择MDL Files((*.mol *.rxn *.sdf)
是这样吗？我试了，可是在Hyperchem中仍然是打不开呀，你这样做过吗？为什么我就是做不成功呢，会是哪儿的问题呢
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勿忘心安
7楼2013-11-22 15:45:11
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wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)
★
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2013-11-24 10:56:16
引用回帖:
7楼: Originally posted by 向日葵2012 at 2013-11-22 15:45:11
在GuassView中打开，然后保存为.mol文件，文件类型选择MDL Files((*.mol *.rxn *.sdf)
是这样吗？我试了，可是在Hyperchem中仍然是打不开呀，你这样做过吗？为什么我就是做不成功呢，会是哪儿的问题呢...

打不开的报错信息是什么？还有要确定你进行转存的模型结构是否正确。简单的这么说打不开，没有任何信息可供分析，是不可能解决问题的。
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努力的生活着
8楼2013-11-22 16:38:43
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向日葵2012

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by wangyan10 at 2013-11-22 16:38:43
打不开的报错信息是什么？还有要确定你进行转存的模型结构是否正确。简单的这么说打不开，没有任何信息可供分析，是不可能解决问题的。...

保存为.mol文件时，出现这个提示：“a-REVCON-xyz-1.mol" is not a native ChemBio3D Ultrafile format. some information might be lost when saving as this file.
然后在Hyperchem中打开就不行了，应该是保存为.mol文件时部分信息丢失，但是该怎么解决呢，我还没有找到
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勿忘心安
9楼2013-11-22 17:10:25
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wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-11-24 10:56:26
引用回帖:
9楼: Originally posted by 向日葵2012 at 2013-11-22 17:10:25
保存为.mol文件时，出现这个提示：“a-REVCON-xyz-1.mol" is not a native ChemBio3D Ultrafile format. some information might be lost when saving as this file.
然后在Hyperchem中打开就不行了，应该是 ...

化合物的初始模型的搭建，可以不用Chem3D去构建。愿意很简单，因为你用这个自动生成出的结构，在保存mol格式的时候，一些信息是丢失了的。因此，在结构不复杂的情况下，可以考虑用别的软件（如GaussianView）来搭建你的分子模型，然后在这个软件中保存。
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努力的生活着
10楼2013-11-22 19:38:09
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