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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Hyperchem » 如何把.gjf文件转换为.mol文件
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向日葵2012

铜虫 (小有名气)

[求助] 如何把.gjf文件转换为.mol文件

做MD计算，处理数据时用Chem3D打开时有太多的水分子看不清楚离子间成键情况，考虑把.gjf文件转换为.mol文件在Hyperchem中打开以便删去多余不成键的水分子，观察生成的离子簇情况
本人新手，望路过的大侠指导一二，定不胜感激。。。。。
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勿忘心安
1楼 2013-11-21 14:33:40
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向日葵2012

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by wangyan10 at 2013-11-22 16:38:43
打不开的报错信息是什么？还有要确定你进行转存的模型结构是否正确。简单的这么说打不开，没有任何信息可供分析，是不可能解决问题的。...

保存为.mol文件时，出现这个提示：“a-REVCON-xyz-1.mol" is not a native ChemBio3D Ultrafile format. some information might be lost when saving as this file.
然后在Hyperchem中打开就不行了，应该是保存为.mol文件时部分信息丢失，但是该怎么解决呢，我还没有找到
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勿忘心安
9楼2013-11-22 17:10:25
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wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-11-21 15:22:39
向日葵2012: 金币+8, ★有帮助, 辛苦啦，谢谢你的回答！ 2013-11-26 08:48:45
gjf格式？这个格式不是高斯计算的输入文件格式吗？如果想把这个转存成mol或者mol2格式，直接用GaussianView打开这个gjf文件，然后另存成mol格式的文件就可以了。
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努力的生活着
2楼2013-11-21 14:38:39
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向日葵2012

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wangyan10 at 2013-11-21 14:38:39
gjf格式？这个格式不是高斯计算的输入文件格式吗？如果想把这个转存成mol或者mol2格式，直接用GaussianView打开这个gjf文件，然后另存成mol格式的文件就可以了。

我试了，可是直接保存为.mol文件后在Chem3D
中打不开呀
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勿忘心安
3楼2013-11-21 17:11:18
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wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-11-22 14:30:11
引用回帖:
3楼: Originally posted by 向日葵2012 at 2013-11-21 17:11:18
我试了，可是直接保存为.mol文件后在Chem3D
中打不开呀...

看图软件有那么多。。。为何纠结与Chem3D。。。
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努力的生活着
4楼2013-11-21 18:22:47
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