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jbolid

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】如何将sdf文件转换成mol2文件 已有8人参与

如何将sdf格式的多个小分子文件装换成mol2文件，用于sybyl药物筛选啊、

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 20:53 ]
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1楼 2009-09-19 14:46:03
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

iamcuizhen

新虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
sybyl conford 怎么将sdf 转化成mol2，有谁告诉我，谢谢了
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21楼2012-02-09 17:09:35
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普通回帖

yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★
zeoliters(金币+1,VIP+0):谢谢回帖交流！ 9-19 15:55
OpenBabel
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2楼2009-09-19 16:35:03
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★
zeoliters(金币+1,VIP+0):谢谢回帖交流！ 9-19 15:55
SYBYL中的Concord，或者用SPL语言编写自动转化。很简单。
赞一下(10人) 回复此楼
除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
3楼2009-09-19 21:47:54
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bbslover

金虫 (正式写手)
★
mingdong(金币+1,VIP+0):感谢交流！ 9-20 01:44
可是转化后，有的原子类型，和键不对啊
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4楼2009-09-19 22:55:08
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
fegg7502(金币+2,VIP+0):thank you very much! 9-20 17:33
jbolid(金币+2,VIP+0):我按他的方法做了，结果可以 9-24 09:11
1。保证sdf文件中的健没有问题。2。concord转化中要选择带电荷。

我转了近三百万小分子，个别报错，还是很不错的。
赞一下(11人) 回复此楼
除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
5楼2009-09-20 08:58:27
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jbolid

金虫 (小有名气)
谢谢各位，我用sybyl里的concord模块解决了问题
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6楼2009-09-24 09:14:29
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_steven

木虫 (正式写手)
★
mingdong(金币+1,VIP+0):感谢交流！ 9-25 16:31
可以试试I-interpret，http://www.sioc-ccbg.ac.cn/software/I-interpret/
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7楼2009-09-24 22:47:18
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bbslover

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2009-9-20 08:58:
1。保证sdf文件中的健没有问题。2。concord转化中要选择带电荷。

我转了近三百万小分子，个别报错，还是很不错的。

Concord哪个选项有带电荷啊，我怎么没有找到呢，帮帮忙！
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8楼2009-11-04 13:55:00
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bbslover

金虫 (正式写手)
哦，是不是 minimize energy with electrostatics?
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9楼2009-11-04 14:00:33
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by bbslover at 2009-11-4 14:00:
哦，是不是 minimize energy with electrostatics?

Excellent
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
10楼2009-11-04 17:56:44
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