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jbolid

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】如何将sdf文件转换成mol2文件 已有8人参与

如何将sdf格式的多个小分子文件装换成mol2文件,用于sybyl药物筛选啊、

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 20:53 ]
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bbslover

金虫 (正式写手)


mingdong(金币+1,VIP+0):感谢交流! 9-20 01:44
可是转化后,有的原子类型,和键不对啊
4楼2009-09-19 22:55:08
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bbslover

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2009-9-20 08:58:
1。保证sdf文件中的健没有问题。2。concord转化中要选择带电荷。

我转了近三百万小分子,个别报错,还是很不错的。

Concord哪个选项有带电荷啊,我怎么没有找到呢,帮帮忙!
8楼2009-11-04 13:55:00
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bbslover

金虫 (正式写手)

哦,是不是 minimize energy with electrostatics?
9楼2009-11-04 14:00:33
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bbslover

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2009-9-19 21:47:
SYBYL中的Concord,或者用SPL语言编写自动转化。很简单。

hi,concord转化sdf到mol2时候,只能一个一个转化吧,(用菜单的那种),如何才能批量转化呢,不然分子多了,一个一个转累死人了。呵呵。多谢!
12楼2009-11-14 21:36:02
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bbslover

金虫 (正式写手)

hi,tjegg您好,如何才能批量转化mol2呢,你的三百万个肯定是批量,我有smiles或者sdf文件,如何批量转啊,指点一下吧,我做了很多无用功。谢谢。
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2009-9-20 08:58:
1。保证sdf文件中的健没有问题。2。concord转化中要选择带电荷。

我转了近三百万小分子,个别报错,还是很不错的。

15楼2009-11-28 08:01:54
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bbslover

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2009-11-28 19:41:
用SYBYL中SPL语言编辑,这样就可以批量转化了。24小时开机不停地转。Manual上有详细说明。

好的多谢了,是不是学习这个spl就行了,还是concord这个? 谢谢了。
17楼2009-11-29 14:27:54
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bbslover

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by jbolid at 2009-09-24 09:14:29:
谢谢各位,我用sybyl里的concord模块解决了问题

您好,我也遇到了 sdf 转化 mol2 的问题,请问使用spl写的批量转化吗?一个一个转化mol2 太费力了, 能否给点建议呢,谢谢
18楼2010-05-28 20:46:42
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