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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 普通格式的分子图怎么转成SDF，mol等格式
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totoro1992

新虫 (初入文坛)

[求助] 普通格式的分子图怎么转成SDF，mol等格式

我想把gif png等一般格式的分子文件转化为sdf或mol或mol2，试过openbabel，但是总是“can't load”，convert0.2的话首先我不知道它能不能，其次在“运行”测试文件时它总提示“不是内部或外部命令····”
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1楼 2012-12-06 11:29:28
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-12-06 14:08:54
这个......no way。

二十多年前，曾经有公司做这个，叫做图像识别（OCR）。
现在，OCR主要是识别手写体的文字。没人再玩分子结构图的识别了。

图片，对于分子结构而言，是肉包子打狗------只去不回。
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2楼2012-12-06 12:04:39
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
totoro1992: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-12-06 15:13:01
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-12-06 21:35:29
1、如果你的分子不是很复杂的话，你可以试试这个：http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/prodrg/

2、如果你自己不嫌麻烦的话，你可以试试根据你的分子式，自己画，用 hyperchem 或者 MS 等软件
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3楼2012-12-06 14:11:21
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totoro1992

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-12-06 14:11:21
1、如果你的分子不是很复杂的话，你可以试试这个：http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/prodrg/

2、如果你自己不嫌麻烦的话，你可以试试根据你的分子式，自己画，用 hyperchem 或者 MS 等软件

嗯。自己画了。我想问下，我用chemdraw这个软件存成mol后只有一个分子能打开，其他都说“unexpected error”，这是怎么回事？谢谢
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4楼2012-12-06 15:12:40
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by totoro1992 at 2012-12-06 15:12:40
嗯。自己画了。我想问下，我用chemdraw这个软件存成mol后只有一个分子能打开，其他都说“unexpected error”，这是怎么回事？谢谢...

呵呵，抱歉，这个软件我没有接触过。
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5楼2012-12-06 15:30:30
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
totoro1992: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-12-06 17:46:09
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-12-06 21:35:41
引用回帖:
4楼: Originally posted by totoro1992 at 2012-12-06 15:12:40
嗯。自己画了。我想问下，我用chemdraw这个软件存成mol后只有一个分子能打开，其他都说“unexpected error”，这是怎么回事？谢谢...

您应该存成CDK，而不是MOL。
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6楼2012-12-06 16:55:35
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-12-06 14:11:21
1、如果你的分子不是很复杂的话，你可以试试这个：http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/prodrg/

2、如果你自己不嫌麻烦的话，你可以试试根据你的分子式，自己画，用 hyperchem 或者 MS 等软件

楼主是有了图片，想转换成某种结构式。
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7楼2012-12-06 16:56:23
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totoro1992

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by yalefield at 2012-12-06 16:55:35
您应该存成CDK，而不是MOL。...

哦。
8楼2012-12-06 17:45:58
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yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-12-10 18:18:37
可以找一下Clide
http://www.simbiosys.com/clide/index.html
用来从文献和图片提取化合物结构的
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9楼2012-12-07 16:56:44
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gxdym

至尊木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-12-10 18:18:44
totoro1992: 金币+1, ★★★很有帮助 2013-01-09 19:00:39
clide是收费的吧，而且license还管理挺严格的，可以试一下OSRA
http://cactus.nci.nih.gov/osra/
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风起的日子,我在等；雨落的时候,我在等.我以为你会心疼我风中的寂寞,你会不忍我雨中的孤单.我以为你会出现,会为我遮风挡雨.可是,望穿秋水我却望不到你的身影.
10楼2012-12-09 22:49:56
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