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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】如何将sdf文件转换成mol2文件
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lyfxie8607

木虫 (著名写手)
★ ★
zeoliters(金币+2,VIP+0):谢谢回帖交流！ 11-15 22:31
OpenBabel
corina
都可以，不过我想你是要三位结构吧。
那就还得用到2D转3D的软件，sybyl里面有concord
还有一个软件叫StrukEd32。
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11楼2009-11-14 16:00:49
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bbslover

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2009-9-19 21:47:
SYBYL中的Concord，或者用SPL语言编写自动转化。很简单。

hi，concord转化sdf到mol2时候，只能一个一个转化吧，（用菜单的那种），如何才能批量转化呢，不然分子多了，一个一个转累死人了。呵呵。多谢！
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12楼2009-11-14 21:36:02
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arthurii

木虫 (正式写手)
★
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 11-28 08:11
PP可以转，但是不知道转出来的识别情况如何。反正我以前试过一次用PP转的mol2发给别人，说sybyl打不开。
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13楼2009-11-16 17:01:21
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CADD

银虫 (正式写手)

【求助】如何将windows里的mol文件转到linux里

大家好，我用chemdrow画的结构，并保存为mol格式，怎么将那些结构转到ubuntu8.04里面继而转到sybyl里那？我是初学者，还希望各位高手指教
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14楼2009-11-26 09:28:46
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bbslover

金虫 (正式写手)
hi,tjegg您好，如何才能批量转化mol2呢，你的三百万个肯定是批量，我有smiles或者sdf文件，如何批量转啊，指点一下吧，我做了很多无用功。谢谢。
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2009-9-20 08:58:
1。保证sdf文件中的健没有问题。2。concord转化中要选择带电荷。

我转了近三百万小分子，个别报错，还是很不错的。

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15楼2009-11-28 08:01:54
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★
javacfish(金币+1,VIP+0):鼓励交流 11-29 21:21
用SYBYL中SPL语言编辑，这样就可以批量转化了。24小时开机不停地转。Manual上有详细说明。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
16楼2009-11-28 19:41:39
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bbslover

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2009-11-28 19:41:
用SYBYL中SPL语言编辑，这样就可以批量转化了。24小时开机不停地转。Manual上有详细说明。

好的多谢了，是不是学习这个spl就行了，还是concord这个？ 谢谢了。
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17楼2009-11-29 14:27:54
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bbslover

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by jbolid at 2009-09-24 09:14:29:
谢谢各位，我用sybyl里的concord模块解决了问题

您好，我也遇到了 sdf 转化 mol2 的问题，请问使用spl写的批量转化吗？一个一个转化mol2 太费力了， 能否给点建议呢，谢谢
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18楼2010-05-28 20:46:42
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jbolid

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by bbslover at 2010-05-28 20:46:42:


您好，我也遇到了 sdf 转化 mol2 的问题，请问使用spl写的批量转化吗？一个一个转化mol2 太费力了， 能否给点建议呢，谢谢

这个我没用过，希望有高手可以解答啊。
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19楼2010-06-07 17:20:25
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nyouyou

新虫 (初入文坛)
★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-06-09 13:45:34
jbolid(金币+1): 2010-06-10 16:13:07
chembiooffice就可以直接把SDF转成mol2格式的文件
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20楼2010-06-09 13:03:38
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