24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 11484  |  回复: 25

jbolid

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】如何将sdf文件转换成mol2文件 已有8人参与

如何将sdf格式的多个小分子文件装换成mol2文件,用于sybyl药物筛选啊、

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 20:53 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子对接 机器学习

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

iamcuizhen

新虫 (初入文坛)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
sybyl conford 怎么将sdf 转化成mol2,有谁告诉我,谢谢了
21楼2012-02-09 17:09:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚


zeoliters(金币+1,VIP+0):谢谢回帖交流! 9-19 15:55
OpenBabel
2楼2009-09-19 16:35:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjegg

铁杆木虫 (著名写手)


zeoliters(金币+1,VIP+0):谢谢回帖交流! 9-19 15:55
SYBYL中的Concord,或者用SPL语言编写自动转化。很简单。
除了你的亲人,没有人应该对你好,对你好的人,一定要珍惜。
3楼2009-09-19 21:47:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bbslover

金虫 (正式写手)


mingdong(金币+1,VIP+0):感谢交流! 9-20 01:44
可是转化后,有的原子类型,和键不对啊
4楼2009-09-19 22:55:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjegg

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★
fegg7502(金币+2,VIP+0):thank you very much! 9-20 17:33
jbolid(金币+2,VIP+0):我按他的方法做了,结果可以 9-24 09:11
1。保证sdf文件中的健没有问题。2。concord转化中要选择带电荷。

我转了近三百万小分子,个别报错,还是很不错的。
除了你的亲人,没有人应该对你好,对你好的人,一定要珍惜。
5楼2009-09-20 08:58:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jbolid

金虫 (小有名气)

谢谢各位,我用sybyl里的concord模块解决了问题
6楼2009-09-24 09:14:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

_steven

木虫 (正式写手)


mingdong(金币+1,VIP+0):感谢交流! 9-25 16:31
7楼2009-09-24 22:47:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bbslover

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2009-9-20 08:58:
1。保证sdf文件中的健没有问题。2。concord转化中要选择带电荷。

我转了近三百万小分子,个别报错,还是很不错的。

Concord哪个选项有带电荷啊,我怎么没有找到呢,帮帮忙!
8楼2009-11-04 13:55:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bbslover

金虫 (正式写手)

哦,是不是 minimize energy with electrostatics?
9楼2009-11-04 14:00:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjegg

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by bbslover at 2009-11-4 14:00:
哦,是不是 minimize energy with electrostatics?

Excellent
除了你的亲人,没有人应该对你好,对你好的人,一定要珍惜。
10楼2009-11-04 17:56:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 jbolid 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 314求调剂 +15 xhhdjdjsjks 2026-04-09 16/800 2026-04-09 17:25 by 5268321
[考研] 调剂 +4 卷卷卷心菜_ 2026-04-09 4/200 2026-04-09 17:21 by gong120082
[考研] 348求调剂 +3 candyyyi 2026-04-09 3/150 2026-04-09 17:20 by 段伟艳
[考研] 085600材料与化工专硕329 求调剂 +24 额cc 2026-04-06 25/1250 2026-04-09 16:01 by wp06
[考研] 262求调剂 +10 天下第一文 2026-04-04 13/650 2026-04-09 15:16 by 探123
[考研] 265求调剂 +4 风说她早忘了 2026-04-07 4/200 2026-04-09 13:59 by only周
[考研] 材料工程322 +18 哈哈哈吼吼吼哈 2026-04-07 19/950 2026-04-09 10:44 by cymywx
[考研] 求调剂 +8 吃口冰激凌 2026-04-07 8/400 2026-04-09 08:03 by 5268321
[考研] 285求调剂 +20 哦呦呼o 2026-04-04 20/1000 2026-04-08 22:23 by yutian743
[考研] 266求调剂 +5 08电气工程 2026-04-03 5/250 2026-04-08 20:22 by 逆水乘风
[考研] 一志愿南昌大学,085600,344分求调剂 +11 调剂上岸玘 2026-04-05 12/600 2026-04-08 16:17 by luoyongfeng
[考研] 274求调剂求调剂 +10 Jachenbingoo 2026-04-06 13/650 2026-04-08 14:25 by zhq0425
[考研] 331求调剂 +5 张元一 2026-04-07 6/300 2026-04-07 22:13 by hemengdong
[考研] 081700化学工程与技术 一志愿中海洋 323 求调剂学校 +19 披星河 2026-04-03 19/950 2026-04-07 15:14 by 尽舜尧1
[考研] 一志愿华中农业大学0710(A)初试329分 求调剂 +5 一名26考研生 2026-04-04 5/250 2026-04-07 08:54 by 18828373951
[考研] 313求调剂 +5 海日海日 2026-04-04 5/250 2026-04-05 15:52 by jndximd
[考研] 求调剂,一志愿南京航空航天大学 ,080500材料科学与工程学硕 +10 @taotao 2026-04-03 10/500 2026-04-04 09:01 by T可可西里T
[考研] 268求调剂 +8 你好tg 2026-04-03 9/450 2026-04-04 05:08 by gswylq
[考研] 281求调剂 +10 aaawhy 2026-04-03 10/500 2026-04-03 21:42 by lbsjt
[考研] 求调剂 +3 usbdndj 2026-04-03 3/150 2026-04-03 14:10 by dxiaoxin
信息提示
请填处理意见