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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 同样的引物，为什么我的测序结果比标准序列短？
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mvan

新虫 (初入文坛)

[交流] 同样的引物，为什么我的测序结果比标准序列短？ 已有4人参与

这个问题困扰我很久了，我试过用不同的引物，然后与使用相同引物的序列对比，我的测序结果都短50bp左右，这是为什么呢？

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1楼 2016-07-05 10:15:11
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ls2046

铁杆木虫 (职业作家)
★ ★
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西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2016-07-06 07:40:10
问题没有讲清楚，没有说明怎么测的。测序的时候，由于测序方法本身存在的问题，测序结果两端各20bp左右是不可信的，也就是说在结果中是不做考虑的。也因此，做完整基因测序时，基因一般连接入T-载体等质粒中，那么测序引物选择载体上的序列，这样目的基因的全序列就是完整的了。不知道你的是什么情况。
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一品黄山
2楼2016-07-05 10:31:53
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mvan

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ls2046 at 2016-07-05 10:31:53
问题没有讲清楚，没有说明怎么测的。测序的时候，由于测序方法本身存在的问题，测序结果两端各20bp左右是不可信的，也就是说在结果中是不做考虑的。也因此，做完整基因测序时，基因一般连接入T-载体等质粒中，那么测 ...

是线粒体基因，目的片段应该是649bp。是单向测序的。公司给我的结果，加上两端的不能用的序列，也才610bp。多谢回复～

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3楼2016-07-05 14:14:18
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51mimi

新虫 (小有名气)
★ ★
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西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2016-07-06 07:40:35
你应该注意缺的是哪里的序列，靠近引物，还是远端？这两方面测验都不一定准确，建议把反向也测了。中间缺失，那就是没有了，模版可能就没有。

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mvan
4楼2016-07-05 16:33:50
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mvan

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by 51mimi at 2016-07-05 16:33:50
你应该注意缺的是哪里的序列，靠近引物，还是远端？这两方面测验都不一定准确，建议把反向也测了。中间缺失，那就是没有了，模版可能就没有。

谢谢谢谢～感谢解救菜鸟^_^

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5楼2016-07-05 18:55:46
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Bioexperixgs

新虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
1.有重复序列，2引物特异性不好。

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6楼2016-07-06 07:06:04
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chenguestc

木虫 (职业作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
单向测，有可能是只测到了正好缺失的后面那50bp处就停止了，
双向测，拼接，再和其他序列比对，如果还是缺失50bp, 说得你的序列在进化过程中有部分删除。
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7楼2016-07-06 14:17:42
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mvan

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by chenguestc at 2016-07-06 14:17:42
单向测，有可能是只测到了正好缺失的后面那50bp处就停止了，
双向测，拼接，再和其他序列比对，如果还是缺失50bp, 说得你的序列在进化过程中有部分删除。

确实是单向测没测全的问题

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8楼2016-07-12 23:11:39
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