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woshiai

银虫 (小有名气)

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[求助] 引物设计问题--急！！！

最近刚开始设计引物，用primer 5.0设计，但设计出来的评分不高，又用Primer blast 网上设计了几个，但是具体的没法看它是否有引物二聚体，还有发卡结构什么的。
从网上知道用oligo可以评价引物，如下：
在 Oligo软件界面，File菜单下，选择Open，定位到目的cDNA序列（在primer中，该序列已经被保存为Seq文件），会跳出来两个窗口，分别为Internal Stability（Delta G）窗口和Tm窗口。在Tm窗口中，点击最左下角的按钮，会出来引物定位对话框，输入候选的上游引物序列位置（Primer5已经给出）即可，而引物长度可以通过点击Change－Current oligo length来改变。定位后，点击Tm窗口的Upper按钮，确定上游引物，同样方法定位下游引物位置，点击Lower按钮，确定下游引物。引物确定后，即可以充分利用Analyze菜单中各种强大的引物分析功能了。
但是，我可能primer 用地不熟练，在‘定位到目的cDNA序列（在primer中，该序列已经被保存为Seq文件）’一句中，我原来用primer并没有保存序列为SEQ啊，还有Open下也没有cDNA序列这一选项。我看了这些后太糊涂了，哪位高手指点一下，非常感谢啊！

[ Last edited by woshiai on 2011-11-16 at 16:06 ]

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