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woshiai

银虫 (小有名气)

[求助] 引物设计问题--急!!!

最近刚开始设计引物,用primer 5.0设计,但设计出来的评分不高,又用Primer blast 网上设计了几个,但是具体的没法看它是否有引物二聚体,还有发卡结构什么的。
从网上知道用oligo可以评价引物,如下:
在 Oligo软件界面,File菜单下,选择Open,定位到目的cDNA序列(在primer中,该序列已经被保存为Seq文件),会跳出来两个窗口,分 别为Internal Stability(Delta G)窗口和Tm窗口。在Tm窗口中,点击最左下角的按钮,会出来引物定位对话框,输入候选的上游引物序列位置(Primer5已经给出)即可,而引物长度 可以通过点击Change-Current oligo length来改变。定位后,点击Tm窗口的Upper按钮,确定上游引物,同样方法定位下游引物位置,点击Lower按钮,确定下游引物。引物确定后, 即可以充分利用Analyze菜单中各种强大的引物分析功能了。
但是,我可能primer 用地不熟练,在‘定位到目的cDNA序列(在primer中,该序列已经被保存为Seq文件)’一句中,我原来用primer并没有保存序列为SEQ啊,还有Open下也没有cDNA序列这一选项。我看了这些后太糊涂了,哪位高手指点一下,非常感谢啊!

[ Last edited by woshiai on 2011-11-16 at 16:06 ]
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woshiai

银虫 (小有名气)

怎么没有人回复,各位同仁帮帮忙啊!!!
2楼2011-11-17 15:39:01
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