我想用gromacs进行六个不同多肽自...我目前知道可以用gromacs生成一个肽的gro，然后用自带editconf建立盒子，但是不知道如何将六个不同的肽随机放进一个盒子里面。谢谢大家啦！smutaooxox6085

npt系综运算完后，在用nvt系综运算之前要不要用editconf命令进行密度的recaling。求各位大神指导。

本小虫刚接触Gromacs做动力学模拟，在定义盒子并添加溶剂这一步，使用如下命令：editconf-fcomplex.gro-onewbox.gro-btdodecahedron-d1.0genbox-cpnewbox.gro-csspc216.gro-ptopol.top-...

我建了一个菱形的盒子，命令如下editconf-f1.pdb-bttriclinic-box*-c-angle9090120-o2.pdbgenbox-cp2.pdb-ci1.pdb-nmol19-o3.pdb（加入另外19个溶质）genbox-cp3.pdb-ci4.pdb-nmol1000-o5....

Gromacs4.0入门教程(中文)）em.mdp和pr.mdp在哪里下载（最好给个链接）posre.itp在文中找不到，是不是要下载ions.itp和md.mdp，在哪里找的到输入editconf-btcubic–ffws.pdb–ofws.pdb–d0....

想请教一个Gromacs里模拟膜蛋白的问题。...还是先editconf设定好一个水盒子形状，再用genebox命令添加水分子呢（如图2，整个膜蛋白体系被水分子包裹住了）？谢谢！图1：1.jpg图2：2.jpg

命令有：1pdb2gmx-f1AKI.pdb-o1AKI_processed.gro-waterspce（提前下好1AKI.pdb&minim.pdb&ions.pdb文件）2editconf-f1AKI_processed.gro-o1AKI_newbox.gro-c-d1.0-btcubic3genbox-cp1AKI_...

做了是实例一没问题，当时很受鼓舞，但在前段时间按教程做Tutorial2:KALP15inDPPC时，在进行到将dppc.pdb文件转换为gro文件卡住了，后面我是用editconf命令转换的，的那个是接下来的能量...

VERSION4.0.7Soucecodefile:grompp.c,line：909Fatalerror:Therewere1error对于这个错误我不会改，因为说盒子长度是editconf自动形成的，我没有定义多大，其次参数文件中没有rlist，我也...

3.3861.771-0.058FHETATM11C2PSFE2-1.4981.031-1.450CHETATM12F21PSFE2-1.0990.398-2.737FHETATM13F22PSFE2-1.0190.186-0.321FHETATM14F23PSFE2-0.8712.379-1.344FEND执行editconf-...

我用的是gromacs的martini立场，在做模拟的时候，出现下列...但加上二面角信息后就出现上述错误，不知道是为什么，我试过editconf时将盒子加大可是不行，不知道为什么，求大家指点。谢谢大家！

第三步：建立盒子，生成gro文件，命令为：editconf-fcnt.pdb-ocnt.gro-c-boxabc第四步：加水genbox-cpcnt.gro-cs-oswnt_6_6_144_b4em.gro-pswnt_6_6_144.top第五步：grompp-fem.mdp-cswnt_6...

下图是maritini力场自组装运行25ns后的磷脂膜...我用editconf来处理，没有效果。我应该如何处理，得到对称的、水在两侧的稳定膜结构呢？'2.png'[Lasteditedbysheva7loveon2012-4-24at15:17]

各位大侠，我在文献中下载了pdb和top,再把pdb用editconf-fxx.pdb-oxx.gro后，gro坐标如下所示1PLMCAA13.7292.3402.4301PLMCAD23.7822.4852.4621PLMCAE33.9052.4992.3791PLMCAF43.9932.6172....

感觉在genbox之前再加上editconf-fem3.gro-oem3.gro-c-d1.0-btcubic更加不对呀，这样box会把蛋白质和膜一起包起来，我这样做出现类似上面的错误，并且后边的那个空间值会更加大……请教高手...

俺用gromacs作蛋白质的动力学，把蛋白质放进盒子里，再加水但用VMD查看时发现...加盒子命令为：editconf-btdodecahedron-ftrp.gro-otrp.gro-c-d1.0谢谢![Lasteditedbypatenton2011-3-9at09:35]

editconf-fbeta3gmx.pdb-obeta3princ.pdb-princ#根据膜的盒子大小，对蛋白加相同大的盒子，并将它们的中心重合editconf-fbeta3princ.pdb-obeta3box.pdb-center6.14156.054054.11115-box12....