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请大家看看我的磷脂膜初始结构，如何镜像一下？
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下图是maritini力场自组装运行25ns后的磷脂膜发现水不在两侧而在中间，紫色是水， 用packmol得到的膜跑25ns后也是如此。光看图，我感觉是周期性边界导致的。 我用editconf来处理，没有效果。 我应该如何处理，得到对称的、水在两侧的稳定膜结构呢？ 2.png [ Last edited by sheva7love on 2012-4-24 at 15:17 ] |
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2楼2012-04-24 17:27:34
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我的packmol得到的初始结构都没问题，就是双层膜，关键在平衡后就成上面这样了。 tolerance 2.0 filetype pdb output bilayer.pdb structure water.pdb number 3998 inside box 0. 0. 0. 127. 129. 25. end structure structure water.pdb number 3998 inside box 0. 0. 75. 127. 129. 100. end structure structure DPPC.pdb number 256 inside box 0. 0. 20. 127. 129. 50. atoms 1 below plane 0. 0. 1. 25. end atoms atoms 12 over plane 0. 0. 1. 48 end atoms end structure structure DPPC.pdb number 256 inside box 0. 0. 50. 127. 129. 80. atoms 12 below plane 0. 0. 1. 52. end atoms atoms 1 over plane 0. 0. 1. 75 end atoms end structure |
3楼2012-04-26 09:13:05