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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 请大家看看我的磷脂膜初始结构，如何镜像一下？
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sheva7love

铜虫 (小有名气)

[求助] 请大家看看我的磷脂膜初始结构，如何镜像一下？

下图是maritini力场自组装运行25ns后的磷脂膜发现水不在两侧而在中间，紫色是水，
用packmol得到的膜跑25ns后也是如此。光看图，我感觉是周期性边界导致的。
我用editconf来处理，没有效果。
我应该如何处理，得到对称的、水在两侧的稳定膜结构呢？
2.png

[ Last edited by sheva7love on 2012-4-24 at 15:17 ]
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修身齐家治国平天下
1楼 2012-04-24 15:15:20
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sheva7love

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-04-24 17:27:34:
你这是挺好的单层膜结构（monolayer）啊
建议你把你的packmol输入脚本贴出来看看，

要想得到双层膜（bilayer），建模的时候，在packmol 里面设置好lipid分子的方向，然后在上下都加上水，平衡之后就是了。

我的packmol得到的初始结构都没问题，就是双层膜，关键在平衡后就成上面这样了。
tolerance 2.0         
filetype pdb
output bilayer.pdb         

structure water.pdb         
number 3998               
inside box 0. 0. 0. 127. 129. 25.      
end structure

structure water.pdb         
number 3998
inside box 0. 0. 75. 127. 129. 100.
end structure


structure DPPC.pdb         
number 256
inside box 0. 0. 20. 127. 129. 50.
atoms 1                  
    below plane 0. 0. 1. 25.   
end atoms              
atoms 12               
    over plane 0. 0. 1. 48   
end atoms
end structure

structure DPPC.pdb
number 256
inside box 0. 0. 50. 127. 129. 80.
atoms 12
    below plane 0. 0. 1. 52.
end atoms
atoms 1
    over plane 0. 0. 1. 75
end atoms
end structure
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修身齐家治国平天下
3楼2012-04-26 09:13:05
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-04-24 18:18:06
你这是挺好的单层膜结构（monolayer）啊
建议你把你的packmol输入脚本贴出来看看，

要想得到双层膜（bilayer），建模的时候，在packmol 里面设置好lipid分子的方向，然后在上下都加上水，平衡之后就是了。
赞一下 回复此楼
2楼2012-04-24 17:27:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
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