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易风朔儿金虫 (知名作家)
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[交流]
【求助】gromacs的editconf出错
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我进行drug-enzyme的MD，运行editconf时出现以下错误： Fatal error:Something is wrong in the coordinate formating of file mix.gro . Note that gro is fixed format. 我检查了很多遍，就是不知道问题出在哪？希望出现过该类问题的高人能帮我解决一下！给出个详细的解决方案。如果是力场不对，做这类模拟应该要选什么力场？下面是我的mix.gro文件，其中UNK为drug的坐标文件，最后一行是enzyme的gro文件的最后一行（请问这样选择对吗？）： Great Red Owns Many ACres of Sand 2385 1ILE N 1 2.358 3.410 1.958 1ILE H1 2 2.438 3.470 1.954 1ILE H2 3 2.312 3.422 2.046 1ILE H3 4 2.387 3.315 1.948 1ILE CA 5 2.265 3.444 1.849 1ILE CB 6 2.318 3.449 1.705 1ILE CG1 7 2.453 3.522 1.704 1ILE CG2 8 2.228 3.499 1.593 1ILE CD 9 2.530 3.521 1.572 1ILE C 10 2.147 3.348 1.863 1ILE O 11 2.166 3.229 1.887 2VAL N 12 2.027 3.402 1.842 。。。。。。。。。 235ALA O 2317 5.170 5.585 1.862 236ASN N 2318 5.021 5.433 1.791 236ASN H 2319 4.934 5.417 1.745 236ASN CA 2320 5.094 5.317 1.845 236ASN CB 2321 5.017 5.271 1.968 236ASN CG 2322 5.007 5.375 2.080 236ASN OD1 2323 5.070 5.368 2.185 236ASN ND2 2324 4.899 5.451 2.069 236ASN HD21 2325 4.835 5.437 1.993 236ASN HD22 2326 4.881 5.523 2.136 236ASN C 2327 5.101 5.205 1.742 236ASN O 2328 5.045 5.099 1.771 237PRO N 2329 5.175 5.213 1.632 237PRO CA 2330 5.178 5.119 1.518 237PRO CB 2331 5.213 5.210 1.400 237PRO CG 2332 5.299 5.323 1.458 237PRO CD 2333 5.277 5.317 1.610 237PRO C 2334 5.274 5.002 1.537 237PRO O1 2335 5.344 4.998 1.654 237PRO O2 2336 5.282 4.911 1.436 238UNK CBF 2337 2.951 3.135 3.072 238UNK CBG 2338 3.008 3.262 3.089 238UNK CBH 2339 3.101 3.309 2.997 238UNK NBK 2340 3.159 3.438 3.015 238UNK OBM 2341 3.272 3.447 3.068 238UNK OBL 2342 3.096 3.539 2.976 238UNK CBI 2343 3.138 3.231 2.888 238UNK CBJ 2344 3.081 3.104 2.871 238UNK CBE 2345 2.988 3.057 2.963 238UNK NBD 2346 2.930 2.929 2.945 238UNK HAF 2347 2.986 2.851 2.975 238UNK C 2348 2.805 2.898 2.892 238UNK O 2349 2.746 2.959 2.803 238UNK CA 2350 2.744 2.777 2.961 238UNK CB 2351 2.686 2.675 2.862 238UNK CG 2352 2.719 2.529 2.897 238UNK CD 2353 2.855 2.489 2.842 238UNK NE 2354 2.882 2.565 2.720 238UNK HAE 2355 2.931 2.652 2.722 238UNK CZ 2356 2.839 2.513 2.609 238UNK NH2 2357 2.860 2.578 2.490 238UNK HAJ 2358 2.827 2.538 2.404 238UNK HAI 2359 2.909 2.666 2.488 238UNK NH1 2360 2.771 2.395 2.591 238UNK HAH 2361 2.743 2.366 2.499 238UNK HAG 2362 2.749 2.338 2.670 238UNK N 2363 2.644 2.822 3.055 238UNK HAD 2364 2.675 2.869 3.138 238UNK CAC 2365 2.508 2.803 3.037 238UNK OAD 2366 2.451 2.794 2.929 238UNK CAE 2367 2.434 2.793 3.167 238UNK CAI 2368 2.343 2.671 3.170 238UNK CAH 2369 2.214 2.721 3.107 238UNK CAG 2370 2.205 2.865 3.155 238UNK NAF 2371 2.344 2.907 3.174 238UNK CAJ 2372 2.387 3.033 3.211 238UNK OAK 2373 2.496 3.081 3.180 238UNK CAL 2374 2.289 3.114 3.292 238UNK NAM 2375 2.332 3.100 3.430 238UNK HAB 2376 2.424 3.136 3.440 238UNK HAC 2377 2.270 3.151 3.490 238UNK HAA 2378 2.330 3.004 3.456 238UNK CAN 2379 2.289 3.261 3.249 238UNK CAO 2380 2.151 3.312 3.213 238UNK CAP 2381 2.041 3.227 3.221 238UNK CAQ 2382 1.914 3.274 3.188 238UNK CAR 2383 1.897 3.406 3.149 238UNK CAS 2384 2.007 3.492 3.141 238UNK CAT 2385 2.134 3.445 3.174 5.24405 4.60573 4.19475 |
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