24小时热门版块排行榜    

查看: 1243  |  回复: 4
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

mvan

新虫 (初入文坛)

[求助] 如何确定测序结果是否为目的片段? 已有1人参与

新新手一枚,求助大家如何确定测序结果是否为目的片段?
我用的通用引物没有在我研究的物种中被使用过,近缘种中也没有人使用过。可用来对比的参考序列都是其它目或同目不同科的物种的序列,对比后相似度在80%以下。
在NCBI上blast之后,和同属另一物种相似度为84%。(同属另一物种序列长度是我的两倍,所以肯定也不是同一个引物。)
不知道这种情况怎么确定目的片段呢?还请各位轻拍
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

晞朔

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by mvan at 2015-11-11 21:06:15
文献里引物扩增产物应该在700左右,我扩增出来的产物在680左右。我用的引物没有近缘种用,NCBI上比对出来的那个近缘种序列全长1500左右,并且没有在文章中发表,所以我不能确定近缘种的引物。而我能用来比对的参考 ...

没有基因组就很难确定你扩增的片段是否具有完整的功能。需要对功能进行验证。
4楼2015-11-11 21:53:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

晞朔

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+3, 鼓励回帖交流 2015-11-11 22:57:32
首先,你的目的条带在NCBI上比对出来其他近缘物种的片段长度是否差不多?同时,预测出你的编码蛋白,同样去NCBI比对,看多肽链长度的差异。如果差不多长,就说明可能是正确的,序列间的差异来自物种间的差异。如果明显地跟其他物种比较差异较大,说明未拿到正确序列,可能还要继续延长你的片段。具体是不是你需要的片段,如果没有参考基因组,就只能通过拿到更多的测序信息来确定你的序列是否正确了。
2楼2015-11-11 20:32:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mvan

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 晞朔 at 2015-11-11 20:32:50
首先,你的目的条带在NCBI上比对出来其他近缘物种的片段长度是否差不多?同时,预测出你的编码蛋白,同样去NCBI比对,看多肽链长度的差异。如果差不多长,就说明可能是正确的,序列间的差异来自物种间的差异。如 ...

文献里引物扩增产物应该在700左右,我扩增出来的产物在680左右。我用的引物没有近缘种用,NCBI上比对出来的那个近缘种序列全长1500左右,并且没有在文章中发表,所以我不能确定近缘种的引物。而我能用来比对的参考序列(即引物相同),是亲缘关系很远的物种(同目不同科或不同目)
3楼2015-11-11 21:06:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mvan

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 晞朔 at 2015-11-11 21:53:43
没有基因组就很难确定你扩增的片段是否具有完整的功能。需要对功能进行验证。...

我不太明白功能验证,能说具体一点吗?是把DNA序列翻译成蛋白序列,然后再比对吗?这时候怎么选参考序列呢?
5楼2015-11-11 22:22:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 欢迎采矿、地质、岩土、计算机、人工智能等专业的同学报考 +3 pin8023 2026-02-28 5/250 2026-03-02 00:24 by 花YOU重开日
[考研] 材料复试调剂 +3 学材料的点 2026-03-01 4/200 2026-03-02 00:07 by ccp273206157
[基金申请] 本子写完了,给DS兄弟看了,得了92分 +3 Doma 2026-03-01 7/350 2026-03-02 00:00 by jnzsy
[考研] 265分求调剂不调专业和学校有行学上就 +6 礼堂丁真258 2026-02-28 8/400 2026-03-01 22:50 by jian_
[考研] 0856求调剂285 +10 吕仔龙 2026-02-28 10/500 2026-03-01 21:37 by 公瑾逍遥
[考研] 274求调剂 +3 cgyzqwn 2026-03-01 6/300 2026-03-01 21:24 by cgyzqwn
[考研] 化工299分求调剂 一志愿985落榜 +5 嘻嘻(*^ω^*) 2026-03-01 5/250 2026-03-01 19:47 by 无际的草原
[考研] 一志愿中南大学理学化学 +4 15779376950 2026-03-01 5/250 2026-03-01 19:00 by Fff-1
[考研] 272求调剂 +6 材紫有化 2026-02-28 6/300 2026-03-01 18:58 by 18137688336
[考研] 291分工科求调剂 +9 science饿饿 2026-03-01 10/500 2026-03-01 18:55 by 18137688336
[考研] 281求调剂 +4 2026计算机_诚心 2026-03-01 7/350 2026-03-01 17:20 by 2026计算机_诚心
[考研] 化工专硕342,一志愿大连理工大学,求调剂 +3 kyf化工 2026-02-28 4/200 2026-03-01 16:49 by yywzz
[考研] 285求调剂 +8 满头大汗的学生 2026-02-28 8/400 2026-03-01 16:47 by caszguilin
[考研] 311求调剂 +6 亭亭亭01 2026-03-01 6/300 2026-03-01 15:41 by 324616
[考研] 求调剂 +6 repeatt?t 2026-02-28 6/300 2026-03-01 14:37 by Sakura绘
[考研] 材料284求调剂,一志愿郑州大学英一数二专硕 +10 想上岸的土拨鼠 2026-02-28 10/500 2026-03-01 14:12 by yc258
[考研] 调剂 +3 简木ChuFront 2026-02-28 3/150 2026-03-01 11:46 by 王伟要上岸啊
[考研] 311求调剂 +9 南迦720 2026-02-28 10/500 2026-03-01 10:55 by sunny81
[考博] 博士自荐 +4 kkluvs 2026-02-28 4/200 2026-03-01 10:19 by 馥安馥安
[考研] 264求调剂 +3 巴拉巴拉根556 2026-02-28 3/150 2026-02-28 21:31 by gaoxiaoniuma
信息提示
请填处理意见