24小时热门版块排行榜    

查看: 1409  |  回复: 4

mvan

新虫 (初入文坛)

[求助] 如何确定测序结果是否为目的片段? 已有1人参与

新新手一枚,求助大家如何确定测序结果是否为目的片段?
我用的通用引物没有在我研究的物种中被使用过,近缘种中也没有人使用过。可用来对比的参考序列都是其它目或同目不同科的物种的序列,对比后相似度在80%以下。
在NCBI上blast之后,和同属另一物种相似度为84%。(同属另一物种序列长度是我的两倍,所以肯定也不是同一个引物。)
不知道这种情况怎么确定目的片段呢?还请各位轻拍
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

晞朔

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+3, 鼓励回帖交流 2015-11-11 22:57:32
首先,你的目的条带在NCBI上比对出来其他近缘物种的片段长度是否差不多?同时,预测出你的编码蛋白,同样去NCBI比对,看多肽链长度的差异。如果差不多长,就说明可能是正确的,序列间的差异来自物种间的差异。如果明显地跟其他物种比较差异较大,说明未拿到正确序列,可能还要继续延长你的片段。具体是不是你需要的片段,如果没有参考基因组,就只能通过拿到更多的测序信息来确定你的序列是否正确了。
2楼2015-11-11 20:32:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mvan

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 晞朔 at 2015-11-11 20:32:50
首先,你的目的条带在NCBI上比对出来其他近缘物种的片段长度是否差不多?同时,预测出你的编码蛋白,同样去NCBI比对,看多肽链长度的差异。如果差不多长,就说明可能是正确的,序列间的差异来自物种间的差异。如 ...

文献里引物扩增产物应该在700左右,我扩增出来的产物在680左右。我用的引物没有近缘种用,NCBI上比对出来的那个近缘种序列全长1500左右,并且没有在文章中发表,所以我不能确定近缘种的引物。而我能用来比对的参考序列(即引物相同),是亲缘关系很远的物种(同目不同科或不同目)
3楼2015-11-11 21:06:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

晞朔

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by mvan at 2015-11-11 21:06:15
文献里引物扩增产物应该在700左右,我扩增出来的产物在680左右。我用的引物没有近缘种用,NCBI上比对出来的那个近缘种序列全长1500左右,并且没有在文章中发表,所以我不能确定近缘种的引物。而我能用来比对的参考 ...

没有基因组就很难确定你扩增的片段是否具有完整的功能。需要对功能进行验证。
4楼2015-11-11 21:53:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mvan

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 晞朔 at 2015-11-11 21:53:43
没有基因组就很难确定你扩增的片段是否具有完整的功能。需要对功能进行验证。...

我不太明白功能验证,能说具体一点吗?是把DNA序列翻译成蛋白序列,然后再比对吗?这时候怎么选参考序列呢?
5楼2015-11-11 22:22:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 mvan 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 23jxep3nCNZb 2026-09-14 3/150 2026-09-15 01:21 by mibUvS8DDCwf
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-15 00:25 by mibUvS8DDCwf
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 5/250 2026-09-14 23:57 by vZfe6xYu34yj
[考博] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +5 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 5/250 2026-09-14 23:33 by vZfe6xYu34yj
[教师之家] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 3/150 2026-09-14 23:21 by vZfe6xYu34yj
[公派出国] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 6/300 2026-09-14 22:37 by vZfe6xYu34yj
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 3/150 2026-09-14 22:33 by vZfe6xYu34yj
[硕博家园] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 3/150 2026-09-14 22:24 by vZfe6xYu34yj
[博后之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 5/250 2026-09-14 22:12 by vZfe6xYu34yj
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 5/250 2026-09-14 22:01 by vZfe6xYu34yj
[博后之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 4/200 2026-09-14 21:37 by vZfe6xYu34yj
[博后之家] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 5/250 2026-09-14 21:24 by vZfe6xYu34yj
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 7/350 2026-09-14 21:21 by vZfe6xYu34yj
[考博] 上海工程技术大学激光智能制造课题组招收博士研究生 +4 两三岁ss 2026-09-14 4/200 2026-09-14 20:29 by 班主任的同桌
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 3/150 2026-09-14 18:01 by Aj1rhIDL5ixY
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 4/200 2026-09-14 17:48 by Aj1rhIDL5ixY
[考研] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 3/150 2026-09-14 14:57 by Aj1rhIDL5ixY
[基金申请] 求教各位大神:2026教育部人文社科青年基金项目何时公示呀? +5 云宴山人 2026-09-10 7/350 2026-09-14 12:11 by ecnu2013
[找工作] 浙江师范大学是怎么坑我的 +6 recruit123 2026-09-09 6/300 2026-09-14 12:00 by 萨仁其其格
[基金申请] 面上有专家说实验设备不是我们单位的 +6 zj_muchong 2026-09-08 8/400 2026-09-11 06:56 by suifengdao
信息提示
请填处理意见