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水沫_幻影

新虫 (初入文坛)

[求助] 如何分析确定基因是否有全长编码区 已有1人参与

之前师姐对转录组测序得到的结果，老师今天给了我一部分未知的基因，然后把它们从转录组数据中调出来，然后分析它们哪些有全长编码区，可是我不会啊，有没有大神帮忙啊
教我一下怎么确定分析基因是否有全长编码区
拜托了
老师给的数据类型如图所示

如何分析确定基因是否有全长编码区
1
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1楼 2015-11-14 00:50:31
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水沫_幻影

新虫 (初入文坛)
上面有错别字，是“让我”把它们从转录组数据中调出来，不是“然后”
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2楼2015-11-14 00:52:26
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小骆驼321

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
我只是试着回答一下……还请大神指正。我觉得你需要弄明白这个gene id是怎么来的，若是根据一个已有的注释文件得到的，从其中需要把序列调出来，然后相应数据库比对一下，剩下的就是生物学基础知识判断了，前提是物种基因组已经测序完成，若是没有完成，就要根据其中的一个reads设计引物做RACE等等了。
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自助者天助
3楼2015-11-14 17:30:11
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水沫_幻影

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 小骆驼321 at 2015-11-14 17:30:11
我只是试着回答一下……还请大神指正。我觉得你需要弄明白这个gene id是怎么来的，若是根据一个已有的注释文件得到的，从其中需要把序列调出来，然后相应数据库比对一下，剩下的就是生物学基础知识判断了，前提是物 ...

这都是华大测序返回来的，你看后面的blast是-没有比对上的基因的，还有我没怎么入门，看不太懂你说的(>﹏<

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4楼2015-11-14 23:25:49
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