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huxing5066金虫 (小有名气)
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NCBI上blast一段基因序列时的问题~求大神解答呢~ 已有1人参与
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问题如下：在NCBI上blast一段大肠杆菌基因序列时(我期望得到基他非大肠杆菌上的类似功能的基因片段)，但是显示的前100位都是大肠杆菌的片段，如何显示100位以后其他不同菌株的基因呀？不知道这个问题我描述清楚了吗？希望大神能给我实际的指导~ PS：我是务实派，解答越详细，相应金币将给越多，不相关的回答将不给金币~ |
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baichi121234
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2楼2015-09-14 00:31:07
liuderong
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blast页面有设置显示结果数目的选项，进入NCBI的blast界面（就是那个可以粘贴序列的界面），把网页拉到最下面，注意看网站的左下方，有一个“+Algorithm parameters ”（在那个的“blast”点击按钮的下面），点击那个“+”号就可以进入设置菜单，设置“Max target sequences”就可以显示更多的比对结果。 其实你这种任务应该用本地blast，那个复杂一点，可以自己到网上找资料看看。 |
3楼2015-09-16 11:40:23
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5楼2015-09-21 20:45:43
liuderong
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假设你提交了一条未知序列X，blast之后得到很多结果，分别是序列A、B、C......。我就以序列A为例子说明。Descriptions是对序列A的注释，描述A是一条什么样的序列。max score和Total score是比对的评分，具体的解释涉及blast的算法（隐马尔科夫模型和打分矩阵这两个算法），我也解释不清楚，你可以到网上搜搜，总的意思就是分值越高相似性越高。Query cover是匹配片段的跨度，E value 类似于统计学上的P值，评价可信度的。Iednt是X和A中含相同的碱基或者氨基酸数目。Accession是A在NCBI的登陆号。 blast仅仅能提供一种分类的参考依据，而不能仅靠blast结果直接分类蛋白。首先你要明确分类的标准，比如植物蛋白和动物蛋白、膜蛋白和核蛋白、LRR家族蛋白、Ig家族蛋白等等。两个蛋白要完全相同才能算是同一种，至于是不是同一类那就不好区分了，比如我要区分LRR家族和非LRR家族，只要两个蛋白同时具备LRR结构域，那即使他们相似性很低（<10%），那也可以归为一类，而如果没有LRR家族，则相似性到99%都不能归为同一类。要先定标准，然后再分类。 多提一句，蛋白归类一般根据结构域来却分，SMART（http://smart.embl-heidelberg.de/）和Pfam（http://pfam.xfam.org/）都是可以查询结构域的，你可以看看。 |
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huxing50666楼2015-09-22 12:26:21
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