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kiki1289

银虫 (小有名气)

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[交流] 真菌鉴定问题已有2人参与

本人以前没有做过真菌鉴定，属于菜鸟。最近分到一株真菌，PCR得到ITS序列，在NCBI上比对同源性为91-92%，请问是新种可能性大吗？下一步应该做什么实验确定是不是新种或新属呢？谢谢各位前辈！

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1楼 2015-07-09 11:54:54

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shmilying

铁杆木虫 (著名写手)

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重新测序，双峰不能用；
重测得时候：1、获菌株ITS序列，比对，若相似性小于97%，就可以考虑是否新种，进一步要做如下基因座的标记基因：
Sequence markers
nucLSU---large subunit of the nuclear ribosomal RNA operon
RPB2---partial second largest subunit of the RNA polymerase II
BT2---partial β -tubulin
ITS---entire rDNA internal transcribed spacer region (ITS)
扩增获得菌株四个基因座的序列，单独对每一个标记基因构树，看目标菌株的发育关系，互相印证；
如果是新种，那就可以搞后续工作，你娃一篇SCI又华丽出炉了
下一个节目就是：感谢我！哈哈