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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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kiki1289

银虫 (小有名气)

[交流] 真菌鉴定问题 已有2人参与

本人以前没有做过真菌鉴定,属于菜鸟。最近分到一株真菌,PCR得到ITS序列,在NCBI上比对同源性为91-92%,请问是新种可能性大吗?下一步应该做什么实验确定是不是新种或新属呢?谢谢各位前辈!
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kiki1289

银虫 (小有名气)

我分到的另外一些菌的测序结果也有不好的,双峰的,但是比对下来都是99%,就这一株是92%,哪种可能性大呢??请大家指教~现在有没有必要再测序看看?
4楼2015-07-09 17:26:53
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haloarchaeon

金虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
91-92%快到新属了
haloarchaeon
2楼2015-07-09 14:53:20
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kiki1289

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by haloarchaeon at 2015-07-09 14:53:20
91-92%快到新属了

我看了测序峰图,双峰。测序结果比较差。就不可能是新种吧?
3楼2015-07-09 17:23:50
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shmilying

铁杆木虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
重新测序,双峰不能用;
重测得时候:1、获菌株ITS序列,比对,若相似性小于97%,就可以考虑是否新种,进一步要做如下基因座的标记基因:
Sequence markers
nucLSU---large subunit of the nuclear ribosomal RNA operon
RPB2---partial second largest subunit of the RNA polymerase II
BT2---partial β -tubulin
ITS---entire rDNA internal transcribed spacer region (ITS)
扩增获得菌株四个基因座的序列,单独对每一个标记基因构树,看目标菌株的发育关系,互相印证;
如果是新种,那就可以搞后续工作,你娃一篇SCI又华丽出炉了
下一个节目就是:感谢我!哈哈
何处是我的岸
5楼2015-07-10 09:09:30
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