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wanlwh

新虫 (初入文坛)

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[求助] forcite 分析RDF

我想计算 C4H6的RDF，方法参考的图片中的方法,但是我做出来的图和文献中给出的差别很大。不知道为什么啊。求指点。

2.JPG

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1楼 2015-07-07 20:25:21

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wanlwh

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引用回帖:

3楼: Originally posted by pigrass at 2015-07-08 08:41:25
一般步长设置都是0.1-1fs，40fs容易造成能量差大于50000，也就是常见的报错

rdf一般是xtd的最后一帧复制到新xsd中进行计算，如果有必要需要设定set

感谢您的回答，不是很懂什么叫做“ 如果有必要需要设定set” 。如果不设定 set 计算出来的 RDF 代表的是什么意思。因为如果我如果只选择一个分子作为set的话，做出来的结果最终竟然是 0.上面的结果是我选择所有原子作为set的结果。还有为什么我的结果和他的相差这么大？会是什么原因导致的呢？这个文章里没有提使用的力场，也没有提电荷的分配方式和温度压强。我是采用pcff力场，charge 是通过 dmol3计算并分配的。还是我的结构有问题呢？或者您能详细讲解下您是如何求rdf的呢？非常感谢。