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wanlwh

新虫 (初入文坛)

[求助] forcite 分析RDF

我 想计算 C4H6的RDF,方法参考的图片中的方法,但是 我做出来的图 和文献中给出的差别很大。不知道为什么啊。求指点。

forcite 分析RDF
2.JPG


forcite 分析RDF-1
3.JPG
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wanlwh

新虫 (初入文坛)

第二个图是我的计算结果。关于文献中的计算方法 我有几个疑问:1为什么 我做MD的时候步长只能设置为1fs 设置为40fs 就会报错。2,RDF的分析 我是这么做的。选择MD后的轨迹文件,然后 edit->select all,然后再edit->edit set. 在分析请问这样做对吗?
2楼2015-07-07 20:33:25
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

一般步长设置都是0.1-1fs,40fs容易造成能量差大于50000,也就是常见的报错

rdf一般是xtd的最后一帧复制到新xsd中进行计算,如果有必要需要设定set
#有问题发论坛,不接受私聊#爱晶体,爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
3楼2015-07-08 08:41:25
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wanlwh

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by pigrass at 2015-07-08 08:41:25
一般步长设置都是0.1-1fs,40fs容易造成能量差大于50000,也就是常见的报错

rdf一般是xtd的最后一帧复制到新xsd中进行计算,如果有必要需要设定set

感谢您的回答,不是很懂什么叫做“ 如果有必要需要设定set” 。如果不设定 set 计算出来的 RDF 代表 的是什么意思。因为 如果 我如果只选择一个 分子 作为set的话,做出来的结果 最终 竟然是 0.上面的结果是我选择所有原子作为set的结果。 还有 为什么 我的结果 和他的 相差这么大?会是什么原因导致的呢?这个文章里没有提 使用的力场,也没有提 电荷 的分配方式和温度压强。我是采用pcff力场 ,charge 是通过 dmol3计算并分配的。还是我的结构有问题呢?或者您能详细讲解下 您是如何 求rdf的呢?非常感谢。
4楼2015-07-09 14:43:49
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楚地无歌

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by pigrass at 2015-07-08 08:41:25
一般步长设置都是0.1-1fs,40fs容易造成能量差大于50000,也就是常见的报错

rdf一般是xtd的最后一帧复制到新xsd中进行计算,如果有必要需要设定set

我看了一些文献上的写的,里边rdf计算时选择的是轨迹文件xtd里边最后几千个构型,请问这和xtd最后一帧复制到新xsd中进行计算有什么区别。
我在用xtd文件计算勾选inter-/intra选项后提示错误,不能计算无限周期结构。可是我建模时候建的就是周期性结构,请问这个问题应该怎么解决呢
5楼2018-05-31 11:08:33
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