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wanlwh

新虫 (初入文坛)

[求助] forcite 分析RDF

我 想计算 C4H6的RDF，方法参考的图片中的方法,但是 我做出来的图 和文献中给出的差别很大。不知道为什么啊。求指点。

forcite 分析RDF
2.JPG


forcite 分析RDF-1
3.JPG
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1楼 2015-07-07 20:25:21
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wanlwh

新虫 (初入文坛)
第二个图是我的计算结果。关于文献中的计算方法 我有几个疑问：1为什么 我做MD的时候步长只能设置为1fs 设置为40fs 就会报错。2，RDF的分析 我是这么做的。选择MD后的轨迹文件，然后 edit->select all，然后再edit->edit set. 在分析请问这样做对吗？
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2楼2015-07-07 20:33:25
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
一般步长设置都是0.1-1fs，40fs容易造成能量差大于50000，也就是常见的报错

rdf一般是xtd的最后一帧复制到新xsd中进行计算，如果有必要需要设定set
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
3楼2015-07-08 08:41:25
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wanlwh

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by pigrass at 2015-07-08 08:41:25
一般步长设置都是0.1-1fs，40fs容易造成能量差大于50000，也就是常见的报错

rdf一般是xtd的最后一帧复制到新xsd中进行计算，如果有必要需要设定set

感谢您的回答，不是很懂什么叫做“ 如果有必要需要设定set” 。如果不设定 set 计算出来的 RDF 代表 的是什么意思。因为 如果 我如果只选择一个 分子 作为set的话，做出来的结果 最终 竟然是 0.上面的结果是我选择所有原子作为set的结果。 还有 为什么 我的结果 和他的 相差这么大？会是什么原因导致的呢？这个文章里没有提 使用的力场，也没有提 电荷 的分配方式和温度压强。我是采用pcff力场 ，charge 是通过 dmol3计算并分配的。还是我的结构有问题呢？或者您能详细讲解下 您是如何 求rdf的呢？非常感谢。
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4楼2015-07-09 14:43:49
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楚地无歌

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by pigrass at 2015-07-08 08:41:25
一般步长设置都是0.1-1fs，40fs容易造成能量差大于50000，也就是常见的报错

rdf一般是xtd的最后一帧复制到新xsd中进行计算，如果有必要需要设定set

我看了一些文献上的写的，里边rdf计算时选择的是轨迹文件xtd里边最后几千个构型，请问这和xtd最后一帧复制到新xsd中进行计算有什么区别。
我在用xtd文件计算勾选inter-/intra选项后提示错误，不能计算无限周期结构。可是我建模时候建的就是周期性结构，请问这个问题应该怎么解决呢
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5楼2018-05-31 11:08:33
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