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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » Forcite回转半径分析，纵坐标什么含义？
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] Forcite回转半径分析，纵坐标什么含义？ 已有1人参与

如图所示，我用MS的Forcite模块跑完动力学之后对其中的100ps做的回转半径分析

这个横坐标是回转半径值，纵坐标P是可能性吗？可以理解为概率吗？概率为什么会大于1？

从这个图中能看出它的回转半径值是多少吗？还是需要把数据弄出来，再做进一步处理？

Forcite回转半径分析，纵坐标什么含义？
1111.png
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虞梦娜

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1楼 2014-06-16 15:38:34
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2014-06-17 16:00:43
赵红霞: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2014-07-03 09:44:34
http://zh.wikipedia.org/wiki/機率密度函數
http://en.wikipedia.org/wiki/Probability_density_function

你随便画1条分子链，测测回转半径，你看纵坐标最大值是多少
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
2楼2014-06-16 16:30:35
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pigrass at 2014-06-16 16:30:35
http://zh.wikipedia.org/wiki/機率密度函數
http://en.wikipedia.org/wiki/Probability_density_function

你随便画1条分子链，测测回转半径，你看纵坐标最大值是多少

纵坐标的值几十几百的都有，这个我知道
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3楼2014-06-16 16:41:30
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
大家讨论一下啊
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4楼2014-06-17 09:25:27
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pigrass at 2014-06-16 16:30:35
http://zh.wikipedia.org/wiki/機率密度函數
http://en.wikipedia.org/wiki/Probability_density_function

你随便画1条分子链，测测回转半径，你看纵坐标最大值是多少

请问纵坐标既然是概率，为什么会大于1呢？这个概率是怎么算的呢？请指教
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5楼2014-09-18 21:22:01
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老曼7

铁杆木虫 (正式写手)
小弟新手，借问一下，测回转半径是指定某个残基还是整个蛋白的所有残基？还有，测回转半径的目的？

[ 发自小木虫客户端 ]
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6楼2014-09-19 06:26:06
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 老曼7 at 2014-09-19 06:26:06
小弟新手，借问一下，测回转半径是指定某个残基还是整个蛋白的所有残基？还有，测回转半径的目的？

回转半径就是看一下物质的尺寸，至于是某个残基还是整个看你的需要
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7楼2014-09-19 10:31:28
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
引用回帖:
5楼: Originally posted by 赵红霞 at 2014-09-18 21:22:01
请问纵坐标既然是概率，为什么会大于1呢？这个概率是怎么算的呢？请指教...

这个涉及到radius of gyration的计算原理，我要去找找资料
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
8楼2014-09-19 10:54:13
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
这个是概率密度函数，与正态分布函数类似，所以纵坐标是可以大于1的。x轴上取一段做面积积分，该面积与完整积分的比值，为该distance区间出现原子的概率，学过正态分布函数的话应该理解这句话的意思的吧。纵坐标的值怎么算为还不清楚，不过画了下甲烷的图，猜测与归一化处理有关，即利用纵坐标值与横坐标值进行积分，面积等于1

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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9楼2014-09-19 11:21:20
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老曼7

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 赵红霞 at 2014-09-19 10:31:28
回转半径就是看一下物质的尺寸，至于是某个残基还是整个看你的需要...

噢，谢了

[ 发自小木虫客户端 ]
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10楼2014-09-19 12:21:19
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