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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】请问如何利用MS计算水溶液中两种分子之间的作用力，分析分子间距离。
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zodlee

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】请问如何利用MS计算水溶液中两种分子之间的作用力，分析分子间距离。 已有7人参与

查看了帖子，查看了文献~，查看了帮助

大约是我才疏学浅，看不到门路，找不到方向

只知道大约是使用DISCOVERY模块来做。

大致情况如下

模已建好

水溶液中，溶解了几种分子（或者离子）

那么，如何计算这几种分子或者离子之间的作用力呢？

另外，想知道几个分子之间的距离，应该如何做呢？

[ Last edited by zodlee on 2010-12-6 at 07:32 ]
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Kiki.Hugh

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1楼 2010-12-04 22:42:01
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

cg陈

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
也有这方面的疑问  同求哈
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2楼2010-12-04 23:46:09
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souledge

专家顾问 (著名写手)
★
sunyang1988(金币+1):谢谢交流 2010-12-05 09:02:44
个人建议：
引用回帖:
DPD
Dissipative Particle Dynamics (DPD) is a mesoscale simulation program. It provides a dynamics algorithm with hydrodynamics for studying coarse-grained systems over long length and time scales. It also enables you to perform analyses on the results of such dynamics simulations.

DPD is quite general in applicability. The effective pair potentials are both short range and soft, allowing long dynamics time steps to be used. Since the DPD equation of state does not include cubic density terms, the potential does not produce a van der Waals loop in the pressure. As a result, liquid and vapor phases cannot coexist and only a single, fluid phase is obtained. The softness of the potential precludes crystalline phases. Walls can be included to study preferential adsorption and the system may be sheared to observe morphological changes.
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思想重于技巧，内涵重于表象
3楼2010-12-05 03:00:27
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zodlee

银虫 (小有名气)
恩，除了DPD还有其他模块么？
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4楼2010-12-06 07:33:19
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mountwar

禁虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zzy870720z(金币+2):谢谢指教 2010-12-06 16:23:49
本帖内容被屏蔽
5楼2010-12-06 16:17:36
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zodlee

银虫 (小有名气)
是否有更直观的可以直接获得

A on B，A on A，B on A 的作用力或者作用能的方法？
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6楼2010-12-07 14:12:29
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mountwar

禁虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
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7楼2010-12-08 22:01:13
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cg陈

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
sunyang1988(金币+1):谢谢交流 2010-12-08 23:18:46
引用回帖:
Originally posted by mountwar at 2010-12-08 22:01:13:

楼主，问下你是通过哪个模块建模的，谢谢了！

楼上有人回答了，用amorhpous cell构建（construction），然后进行MD模拟（我用的是discover模块）
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8楼2010-12-08 22:59:42
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mountwar

禁虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
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9楼2010-12-09 07:50:07
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Kiki.Hugh

金虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送红花一朵
楼主你好，我想请教你是怎么将离子融入水溶液的呢？我用amorhpous cell构建（construction），我已给离子分配了力场和电荷。结果fail了，说不能在其中加入atom。
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10楼2014-10-28 23:26:17
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