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fengjunchen

铜虫 (小有名气)

[求助] 求帮忙分析土壤DNA提取后断裂的原因 已有1人参与

研一新人,最近在练习从土壤中提取基因组DNA,使用的一种很粗犷的CTAB和SDS提取土壤DNA的方法。之前几次从10g地表土壤中提取DNA,结果都还好,跑胶看看主要在23Kb以上;昨天我尝试了一下把提取的体系放大到250g,结果跑出来胶看看,全都断裂弥散了。

回想这次和之前提取的不同之处,大概回想到这么几点不同,求有经验的师兄师姐们帮忙分析分析。
1、这几天下雨,取的土很湿,所以我60度烘干了大概一个小时。导师说这种高温没准会损害到DNA的完整性。
2、然后我顺便用研钵研磨了一下,不知是否会对DNA的完整性有影响?
3、体系放大后,沉淀也多了很多,离心后75%乙醇清洗过程中,我用枪头将沉淀片捣碎,动作算是挺轻的。
4、跑胶之前,DNA溶液在4度冰箱里放置了大概20h,不知是否会降解?

我传了一张跑胶的图片,三条涌道,分别是48Kb的λDNA,λ/HindIII Marker,提取的土壤DNA溶液。

到底是哪步出了问题导致DNA断裂弥散了呢?我很费解。

求帮忙分析土壤DNA提取后断裂的原因
2015.6.26_副本.jpg
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大葱挖土

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by fengjunchen at 2015-06-27 16:00:22
谢谢您的回答~~
那我就不烘干,用湿的土样提取试试看吧。我倒不是用于测序,是需要很大量的DNA的。
如果我想把样品干燥,有没有什么不会损害DNA完整性的干燥方法呢?...

不需要干燥。取一个有代表性的样品烘干测定含水率,用这个含水率换算湿土中的DNA含量就行了。其实你不仅不能烘干阳平而且应该将土样冷冻。
4楼2015-06-28 01:45:32
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大葱挖土

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
fengjunchen: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-06-30 12:37:09
烘干会对DNA产生损害。你说(1)(3)(4)一般不会对DNA完整性产生影响。
话说,其实你不必扩大体系,其实10g和250g提到的DNA测序结果最后会差不多的。可以用少量土壤做多个样品的测序。
2楼2015-06-27 05:18:01
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fengjunchen

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 大葱挖土 at 2015-06-27 05:18:01
烘干会对DNA产生损害。你说(1)(3)(4)一般不会对DNA完整性产生影响。
话说,其实你不必扩大体系,其实10g和250g提到的DNA测序结果最后会差不多的。可以用少量土壤做多个样品的测序。

谢谢您的回答~~
那我就不烘干,用湿的土样提取试试看吧。我倒不是用于测序,是需要很大量的DNA的。
如果我想把样品干燥,有没有什么不会损害DNA完整性的干燥方法呢?
3楼2015-06-27 16:00:22
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