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lhf903

金虫 (正式写手)

[求助] 土壤样品保存(用于提取DNA后下游分子生物学实验)

土样的保存一般都是放在-70℃长期保存,现在我的一份土样在-70℃冰箱中放了两年,其间拿出来冻融过一次,还阴干了一个晚上,含水率降到了10%左右。现在拿来提取土壤总DNA,扩增真菌18S rRNA基因,P不出来~
不知道什么原因,会不会是时间过长,样品出现问题,急求解答~
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miaoz2011

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰,手有余香。分子生物期待你更多精彩 。 2013-11-07 19:15:51
应该不会,可能是你的PCR程序什么的设置不恰当什么的,你需要在重新调整PCR配方,或者调整程序。即使样品出现问题,应该会有东西的。
2楼2013-11-07 16:49:31
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lhf903

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by miaoz2011 at 2013-11-07 16:49:31
应该不会,可能是你的PCR程序什么的设置不恰当什么的,你需要在重新调整PCR配方,或者调整程序。即使样品出现问题,应该会有东西的。

关键是同样的程序,其他样品可以扩出来
3楼2013-11-07 18:57:05
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better2023

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+1, 鼓励交流! 2013-11-08 01:33:16
PCR之前,总DNA跑一次胶,看看提出来没有
4楼2013-11-07 19:26:27
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lhf903

金虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by better2023 at 2013-11-07 19:26:27
PCR之前,总DNA跑一次胶,看看提出来没有

跑过,总DNA没有问题,扩增其他基因也没问题
5楼2013-11-07 20:19:21
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miaoz2011

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
gyesang: 金币+1, 鼓励交流! 2013-11-08 01:33:24
lhf903: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-11-14 12:04:02
还有一种原因可能是土壤里没有真菌,这个也是有可能的
6楼2013-11-07 21:21:15
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Hazel张健

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2013-11-08 01:33:30
lhf903: 金币+10, 有帮助 2013-11-14 12:03:56
有没有试过取第一次PCR产物作为模板再次进行PCR?!有时候第二次可以出来了~~第一次的产物浓度太低不足以在琼脂糖凝胶电泳上验证出来~~~
7楼2013-11-07 21:22:31
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lhf903

金虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by Hazel张健 at 2013-11-07 21:22:31
有没有试过取第一次PCR产物作为模板再次进行PCR?!有时候第二次可以出来了~~第一次的产物浓度太低不足以在琼脂糖凝胶电泳上验证出来~~~

我取5ul PCR产物跑琼脂糖,没有;如果二次PCR的话,特异性会不会不行啊,偏差会被放大吧~
8楼2013-11-07 21:26:55
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lhf903

金虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by miaoz2011 at 2013-11-07 21:21:15
还有一种原因可能是土壤里没有真菌,这个也是有可能的

这个土壤样品中间提取过一次,能扩出真菌来,后来又在-70℃放置了好久,这次拿出来就不行了~
9楼2013-11-07 21:28:31
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