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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 如何计算分子间的弱相互作用以及分析氢键
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十年磨练

木虫 (正式写手)

[求助] 如何计算分子间的弱相互作用以及分析氢键已有2人参与

如题 如何计算分子间的弱相互作用以及分析氢键


大家好，最近我在用gaussian软件计算分子间的相互作用，但是对于操作步骤现在还是不太确定是不是正确的，所以向各位大牛详细请教一下。
现在我把我的计算步骤详细说一下
1）比如两个分子，分别称为分子A和分子B，两个分子之间会形成氢键作用   
2）我用gaussian软件用B3LYP/6-311+G*基组分别计算了只有分子A存在的能量E(A)、只有分子B存在的能量E(B)以及同时存在两个分子（即分子A和分子B）的能量E(AB)        3）最后计算 认为E(AB)-E(A)-E(B)的绝对值是分子间的弱相互作用，
这样的计算方法对不对，还是说要加上BSSE修正E(BSSE)就行了  即|E(AB)-E(A)-E(B)|+E(BSSE)

请大家不吝赐教，在此谢谢大家了
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时刻保持虚心学习的态度
1楼2015-06-22 16:33:19
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kong890109

金虫 (小有名气)
★ ★
gmy1990: 金币+2, 感谢应助 2015-06-24 17:09:32
需要BSSE校正，具体的弱相互作用分析方法可以参看此贴http://muchong.com/html/201408/7827455.html；使用过这里面的RDG方法，感觉挺形象的，你可以试试。
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2楼2015-06-22 20:06:50
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十年磨练

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zhou2009 at 2015-06-23 10:23:29
B3LYP算氢键并不那么合用（参见“乱谈DFT-D”：http://sobereva.com/83），如果起点不高，计算结果很难说。
不知分子体系有多大。最起码要用b97d。最好用DFT-D。如果氢键体系较小，可以用mp4(sdtq)或者CCSD。...

首先，谢谢你的热心解答，我再问一下
一般一个分子有八九个原子，不过有时候我会研究好几个分子之间的相互作用。这样的话，原子个数大概就是30~60个左右，对于这样的体系，选取mp2/aug-cc-pVDZ这样一个基组怎么样？计算时需不需要添加BSSE修正和色散修正？
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时刻保持虚心学习的态度
4楼2015-06-23 10:36:26
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
十年磨练: 金币+5, ★有帮助 2015-11-03 09:32:15
B3LYP算氢键并不那么合用（参见“乱谈DFT-D”：http://sobereva.com/83），如果起点不高，计算结果很难说。
不知分子体系有多大。最起码要用b97d。最好用DFT-D。如果氢键体系较小，可以用mp4(sdtq)或者CCSD。
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3楼2015-06-23 10:23:29
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十年磨练

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by kong890109 at 2015-06-22 20:06:50
需要BSSE校正，具体的弱相互作用分析方法可以参看此贴http://muchong.com/html/201408/7827455.html；使用过这里面的RDG方法，感觉挺形象的，你可以试试。

嗯，好的，我先看看帖子
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时刻保持虚心学习的态度
5楼2015-06-23 10:37:10
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
gmy1990: 金币+2, 感谢应助 2015-06-24 17:09:45
引用回帖:
4楼: Originally posted by 十年磨练 at 2015-06-23 10:36:26
首先，谢谢你的热心解答，我再问一下
一般一个分子有八九个原子，不过有时候我会研究好几个分子之间的相互作用。这样的话，原子个数大概就是30~60个左右，对于这样的体系，选取mp2/aug-cc-pVDZ这样一个基组怎么样 ...

原子个数不算太大。mp2/aug-cc-pVDZ应是可用的。但最好用Linux操作系统，避免数据溢出。
以我算氢键经验看，如果有蓝移氢键，mp2没有mp4(sdtq)好。
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6楼2015-06-23 10:53:43
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十年磨练

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by zhou2009 at 2015-06-23 10:53:43
原子个数不算太大。mp2/aug-cc-pVDZ应是可用的。但最好用Linux操作系统，避免数据溢出。
以我算氢键经验看，如果有蓝移氢键，mp2没有mp4(sdtq)好。...

哦，我就是用linux下的gaussian算的

另外怎么区分得到的结果是氢键能量和范德华相互作用等
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时刻保持虚心学习的态度
7楼2015-06-23 13:58:47
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
gmy1990: 金币+2, 感谢应助 2015-06-24 17:09:51
十年磨练: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-09-02 20:03:18
引用回帖:
7楼: Originally posted by 十年磨练 at 2015-06-23 13:58:47
哦，我就是用linux下的gaussian算的

另外怎么区分得到的结果是氢键能量和范德华相互作用等...

氢键是分子端头处于能级高位的电子（如HOMO)向能级低位的势阱空域偏移电子形成的。其中一方是LUMO之类，是空域。
范德华作用的双方通常都是配对的电子所形成的。（少见有一方是单电子）
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8楼2015-06-23 16:00:18
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十年磨练

木虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by zhou2009 at 2015-06-23 16:00:18
氢键是分子端头处于能级高位的电子（如HOMO)向能级低位的势阱空域偏移电子形成的。其中一方是LUMO之类，是空域。
范德华作用的双方通常都是配对的电子所形成的。（少见有一方是单电子）...

哦，我的意思是如何分别计算氢键和范德华相互作用的能量，或者算出来的能量如何区分多少是氢键多少是范德华相互作用能量   
对于你上面说的我不是很明白，我看看那方面的资料。对了，你有没有推荐的这方面的资料可以给我发一下吗？ 谢谢了
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时刻保持虚心学习的态度
9楼2015-06-25 09:25:18
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809011916

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
9楼: Originally posted by 十年磨练 at 2015-06-25 09:25:18
哦，我的意思是如何分别计算氢键和范德华相互作用的能量，或者算出来的能量如何区分多少是氢键多少是范德华相互作用能量   
对于你上面说的我不是很明白，我看看那方面的资料。对了，你有没有推荐的这方面的资料可 ...

是不是应该用波函数分析这个软件，比如multiwfn这个，通过rdg分析可以表征弱相互作用和氢键作用，你可以试试。
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选择最喜欢的，专注到无情。一个，就够了。
10楼2015-07-24 01:45:06
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