应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » Gromacs水中溶菌酶中的各种mdp文件在哪里下，教程里的连接失效了
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
51/1返回列表
查看: 1032  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

专家顾问
楼1970-01-01 08:00:00
已阅   申请模拟EPI   回复此楼   编辑   查看我的主页

智能机器人

Robot (super robot)

我们都爱小木虫

找到一些相关的精华帖子，希望有用哦~

科研从小木虫开始，人人为我，我为人人

好好学习444

专家顾问

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
title                = OPLS Lysozyme NPT equilibration
define                = -DPOSRES        ; position restrain the protein
; Run parameters
integrator        = md                ; leap-frog integrator
nsteps                = 50000                ; 2 * 50000 = 100 ps
dt                = 0.002                ; 2 fs
; Output control
nstxout                = 100                ; save coordinates every 0.2 ps
nstvout                = 100                ; save velocities every 0.2 ps
nstenergy        = 100                ; save energies every 0.2 ps
nstlog                = 100                ; update log file every 0.2 ps
; Bond parameters
continuation        = yes                ; Restarting after NVT
constraint_algorithm = lincs        ; holonomic constraints
constraints        = all-bonds        ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained
lincs_iter        = 1                ; accuracy of LINCS
lincs_order        = 4                ; also related to accuracy
; Neighborsearching
ns_type                = grid                ; search neighboring grid cells
nstlist                = 5                ; 10 fs
rlist                = 1.0                ; short-range neighborlist cutoff (in nm)
rcoulomb        = 1.0                ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
rvdw                = 1.0                ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
; Electrostatics
coulombtype        = PME                ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics
pme_order        = 4                ; cubic interpolation
fourierspacing        = 0.16                ; grid spacing for FFT
; Temperature coupling is on
tcoupl                = V-rescale        ; modified Berendsen thermostat
tc-grps                = Protein Non-Protein        ; two coupling groups - more accurate
tau_t                = 0.1        0.1        ; time constant, in ps
ref_t                = 300         300        ; reference temperature, one for each group, in K
; Pressure coupling is on
pcoupl                = Parrinello-Rahman        ; Pressure coupling on in NPT
pcoupltype        = isotropic        ; uniform scaling of box vectors
tau_p                = 2.0                ; time constant, in ps
ref_p                = 1.0                ; reference pressure, in bar
compressibility = 4.5e-5        ; isothermal compressibility of water, bar^-1
refcoord_scaling = com
; Periodic boundary conditions
pbc                = xyz                ; 3-D PBC
; Dispersion correction
DispCorr        = EnerPres        ; account for cut-off vdW scheme
; Velocity generation
gen_vel                = no                ; Velocity generation is off
赞一下 回复此楼
说好努力的
4楼2015-06-08 19:33:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

好好学习444

版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
s1g2k3: 金币+3, ★★★★★最佳答案 2015-06-10 10:13:15
title                = OPLS Lysozyme NVT equilibration
define                = -DPOSRES        ; position restrain the protein
; Run parameters
integrator        = md                ; leap-frog integrator
nsteps                = 50000                ; 2 * 50000 = 100 ps
dt                = 0.002                ; 2 fs
; Output control
nstxout                = 100                ; save coordinates every 0.2 ps
nstvout                = 100                ; save velocities every 0.2 ps
nstenergy        = 100                ; save energies every 0.2 ps
nstlog                = 100                ; update log file every 0.2 ps
; Bond parameters
continuation        = no                ; first dynamics run
constraint_algorithm = lincs        ; holonomic constraints
constraints        = all-bonds        ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained
lincs_iter        = 1                ; accuracy of LINCS
lincs_order        = 4                ; also related to accuracy
; Neighborsearching
ns_type                = grid                ; search neighboring grid cells
nstlist                = 5                ; 10 fs
rlist                = 1.0                ; short-range neighborlist cutoff (in nm)
rcoulomb        = 1.0                ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
rvdw                = 1.0                ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
; Electrostatics
coulombtype        = PME                ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics
pme_order        = 4                ; cubic interpolation
fourierspacing        = 0.16                ; grid spacing for FFT
; Temperature coupling is on
tcoupl                = V-rescale        ; modified Berendsen thermostat
tc-grps                = Protein Non-Protein        ; two coupling groups - more accurate
tau_t                = 0.1        0.1        ; time constant, in ps
ref_t                = 300         300        ; reference temperature, one for each group, in K
; Pressure coupling is off
pcoupl                = no                 ; no pressure coupling in NVT
; Periodic boundary conditions
pbc                = xyz                ; 3-D PBC
; Dispersion correction
DispCorr        = EnerPres        ; account for cut-off vdW scheme
; Velocity generation
gen_vel                = yes                ; assign velocities from Maxwell distribution
gen_temp        = 300                ; temperature for Maxwell distribution
gen_seed        = -1                ; generate a random seed
赞一下 回复此楼
说好努力的
2楼2015-06-08 19:31:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

好好学习444

专家顾问

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
自己复制一下就可以，建个文本文件.mdp
赞一下 回复此楼
说好努力的
3楼2015-06-08 19:32:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jerkwin

禁虫

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
s1g2k3: 金币+2, ★★★很有帮助 2015-06-10 10:13:27
这里有全部的资料
http://jerkwin.github.io/9999/10 ... %E6%95%99%E7%A8%8B/
赞一下 回复此楼
5楼2015-06-08 21:52:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 311求调剂一志愿合肥工业大学 +14 秋二十二 2026-03-30 14/700 2026-04-01 11:45 by chemdavid
[考研] 085410人工智能 初试316分 求调剂 +3 残星拂曙 2026-03-31 3/150 2026-04-01 11:09 by 小熊raider
[考研] 291求调剂 +3 迷蒙木木 2026-04-01 4/200 2026-04-01 11:07 by 逆水乘风
[考研] 322求调剂 +8 三水sss 2026-04-01 8/400 2026-04-01 10:19 by 唐沐儿
[考研] 359求调剂 +8 邓邓邓书书 2026-03-25 8/400 2026-04-01 08:20 by herarysara
[考研] 求调剂：一志愿：南京大学 专业：0705 总分320 ，本科985，四六级已过 +3 lfy760306 2026-03-31 3/150 2026-04-01 01:57 by Creta
[考研] 环境工程297分求调剂一志愿杭高院 +10 GENJIOW 2026-03-31 10/500 2026-04-01 01:30 by 1018329917
[考研] 085601英二数二求调剂 总分325 +4 余航航 2026-03-31 4/200 2026-03-31 17:38 by 唐沐儿
[考研] 调剂求院校招收 +7 鹤鲸鸽 2026-03-28 7/350 2026-03-31 11:21 by oooqiao
[考研] 总分322求生物学/生化与分子/生物信息学相关调剂 +6 星沉uu 2026-03-26 7/350 2026-03-31 10:19 by GdShizy
[考研] 085601材料工程找调剂 +17 oatmealR 2026-03-29 18/900 2026-03-30 19:21 by Wang200018
[考研] 284求调剂 +14 junqihahaha 2026-03-26 15/750 2026-03-30 14:12 by 探123
[考研] 调剂考研 +3 王杰一 2026-03-29 3/150 2026-03-29 08:09 by fmesaito
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +6 崔wj 2026-03-26 6/300 2026-03-29 01:11 by hanserlol
[考研] 283求调剂 +3 A child 2026-03-28 3/150 2026-03-28 15:41 by ms629
[考研] 085602 化工专硕 338分 求调剂 +12 路痴小琪 2026-03-27 12/600 2026-03-28 15:41 by L135790
[考研] 081200-314 +3 LILIQQ 2026-03-27 4/200 2026-03-28 09:41 by 保护地球你我做�
[考研] 348求调剂 +4 小懒虫不懒了 2026-03-27 5/250 2026-03-27 12:47 by 果果妈咪
[考研] 调剂 +4 柚柚yoyo 2026-03-26 4/200 2026-03-26 20:43 by fmesaito
[考研] 302求调剂 +4 锦衣卫藤椒 2026-03-25 4/200 2026-03-25 16:29 by 功夫疯狂
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭