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楼1970-01-01 08:00:00
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好好学习444

银虫 (小有名气)
title                = OPLS Lysozyme NPT equilibration
define                = -DPOSRES        ; position restrain the protein
; Run parameters
integrator        = md                ; leap-frog integrator
nsteps                = 50000                ; 2 * 50000 = 100 ps
dt                = 0.002                ; 2 fs
; Output control
nstxout                = 100                ; save coordinates every 0.2 ps
nstvout                = 100                ; save velocities every 0.2 ps
nstenergy        = 100                ; save energies every 0.2 ps
nstlog                = 100                ; update log file every 0.2 ps
; Bond parameters
continuation        = yes                ; Restarting after NVT
constraint_algorithm = lincs        ; holonomic constraints
constraints        = all-bonds        ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained
lincs_iter        = 1                ; accuracy of LINCS
lincs_order        = 4                ; also related to accuracy
; Neighborsearching
ns_type                = grid                ; search neighboring grid cells
nstlist                = 5                ; 10 fs
rlist                = 1.0                ; short-range neighborlist cutoff (in nm)
rcoulomb        = 1.0                ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
rvdw                = 1.0                ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
; Electrostatics
coulombtype        = PME                ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics
pme_order        = 4                ; cubic interpolation
fourierspacing        = 0.16                ; grid spacing for FFT
; Temperature coupling is on
tcoupl                = V-rescale        ; modified Berendsen thermostat
tc-grps                = Protein Non-Protein        ; two coupling groups - more accurate
tau_t                = 0.1        0.1        ; time constant, in ps
ref_t                = 300         300        ; reference temperature, one for each group, in K
; Pressure coupling is on
pcoupl                = Parrinello-Rahman        ; Pressure coupling on in NPT
pcoupltype        = isotropic        ; uniform scaling of box vectors
tau_p                = 2.0                ; time constant, in ps
ref_p                = 1.0                ; reference pressure, in bar
compressibility = 4.5e-5        ; isothermal compressibility of water, bar^-1
refcoord_scaling = com
; Periodic boundary conditions
pbc                = xyz                ; 3-D PBC
; Dispersion correction
DispCorr        = EnerPres        ; account for cut-off vdW scheme
; Velocity generation
gen_vel                = no                ; Velocity generation is off
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说好努力的
4楼2015-06-08 19:33:11
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好好学习444

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
s1g2k3: 金币+3, ★★★★★最佳答案 2015-06-10 10:13:15
title                = OPLS Lysozyme NVT equilibration
define                = -DPOSRES        ; position restrain the protein
; Run parameters
integrator        = md                ; leap-frog integrator
nsteps                = 50000                ; 2 * 50000 = 100 ps
dt                = 0.002                ; 2 fs
; Output control
nstxout                = 100                ; save coordinates every 0.2 ps
nstvout                = 100                ; save velocities every 0.2 ps
nstenergy        = 100                ; save energies every 0.2 ps
nstlog                = 100                ; update log file every 0.2 ps
; Bond parameters
continuation        = no                ; first dynamics run
constraint_algorithm = lincs        ; holonomic constraints
constraints        = all-bonds        ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained
lincs_iter        = 1                ; accuracy of LINCS
lincs_order        = 4                ; also related to accuracy
; Neighborsearching
ns_type                = grid                ; search neighboring grid cells
nstlist                = 5                ; 10 fs
rlist                = 1.0                ; short-range neighborlist cutoff (in nm)
rcoulomb        = 1.0                ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
rvdw                = 1.0                ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
; Electrostatics
coulombtype        = PME                ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics
pme_order        = 4                ; cubic interpolation
fourierspacing        = 0.16                ; grid spacing for FFT
; Temperature coupling is on
tcoupl                = V-rescale        ; modified Berendsen thermostat
tc-grps                = Protein Non-Protein        ; two coupling groups - more accurate
tau_t                = 0.1        0.1        ; time constant, in ps
ref_t                = 300         300        ; reference temperature, one for each group, in K
; Pressure coupling is off
pcoupl                = no                 ; no pressure coupling in NVT
; Periodic boundary conditions
pbc                = xyz                ; 3-D PBC
; Dispersion correction
DispCorr        = EnerPres        ; account for cut-off vdW scheme
; Velocity generation
gen_vel                = yes                ; assign velocities from Maxwell distribution
gen_temp        = 300                ; temperature for Maxwell distribution
gen_seed        = -1                ; generate a random seed
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说好努力的
2楼2015-06-08 19:31:40
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好好学习444

银虫 (小有名气)
自己复制一下就可以，建个文本文件.mdp
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说好努力的
3楼2015-06-08 19:32:26
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jerkwin

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
s1g2k3: 金币+2, ★★★很有帮助 2015-06-10 10:13:27
这里有全部的资料
http://jerkwin.github.io/9999/10 ... %E6%95%99%E7%A8%8B/
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5楼2015-06-08 21:52:35
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