应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » Gromacs水中溶菌酶中的各种mdp文件在哪里下，教程里的连接失效了
51/1返回列表
查看: 979  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

楼1970-01-01 08:00:00
已阅   申请模拟EPI   回复此楼   编辑   查看我的主页

智能机器人

Robot (super robot)

我们都爱小木虫

找到一些相关的精华帖子，希望有用哦~

科研从小木虫开始，人人为我，我为人人

jerkwin

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
s1g2k3: 金币+2, ★★★很有帮助 2015-06-10 10:13:27
这里有全部的资料
http://jerkwin.github.io/9999/10 ... %E6%95%99%E7%A8%8B/
赞一下 回复此楼
5楼2015-06-08 21:52:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

好好学习444

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
s1g2k3: 金币+3, ★★★★★最佳答案 2015-06-10 10:13:15
title                = OPLS Lysozyme NVT equilibration
define                = -DPOSRES        ; position restrain the protein
; Run parameters
integrator        = md                ; leap-frog integrator
nsteps                = 50000                ; 2 * 50000 = 100 ps
dt                = 0.002                ; 2 fs
; Output control
nstxout                = 100                ; save coordinates every 0.2 ps
nstvout                = 100                ; save velocities every 0.2 ps
nstenergy        = 100                ; save energies every 0.2 ps
nstlog                = 100                ; update log file every 0.2 ps
; Bond parameters
continuation        = no                ; first dynamics run
constraint_algorithm = lincs        ; holonomic constraints
constraints        = all-bonds        ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained
lincs_iter        = 1                ; accuracy of LINCS
lincs_order        = 4                ; also related to accuracy
; Neighborsearching
ns_type                = grid                ; search neighboring grid cells
nstlist                = 5                ; 10 fs
rlist                = 1.0                ; short-range neighborlist cutoff (in nm)
rcoulomb        = 1.0                ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
rvdw                = 1.0                ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
; Electrostatics
coulombtype        = PME                ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics
pme_order        = 4                ; cubic interpolation
fourierspacing        = 0.16                ; grid spacing for FFT
; Temperature coupling is on
tcoupl                = V-rescale        ; modified Berendsen thermostat
tc-grps                = Protein Non-Protein        ; two coupling groups - more accurate
tau_t                = 0.1        0.1        ; time constant, in ps
ref_t                = 300         300        ; reference temperature, one for each group, in K
; Pressure coupling is off
pcoupl                = no                 ; no pressure coupling in NVT
; Periodic boundary conditions
pbc                = xyz                ; 3-D PBC
; Dispersion correction
DispCorr        = EnerPres        ; account for cut-off vdW scheme
; Velocity generation
gen_vel                = yes                ; assign velocities from Maxwell distribution
gen_temp        = 300                ; temperature for Maxwell distribution
gen_seed        = -1                ; generate a random seed
赞一下 回复此楼
说好努力的
2楼2015-06-08 19:31:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

好好学习444

银虫 (小有名气)
自己复制一下就可以，建个文本文件.mdp
赞一下 回复此楼
说好努力的
3楼2015-06-08 19:32:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

好好学习444

银虫 (小有名气)
title                = OPLS Lysozyme NPT equilibration
define                = -DPOSRES        ; position restrain the protein
; Run parameters
integrator        = md                ; leap-frog integrator
nsteps                = 50000                ; 2 * 50000 = 100 ps
dt                = 0.002                ; 2 fs
; Output control
nstxout                = 100                ; save coordinates every 0.2 ps
nstvout                = 100                ; save velocities every 0.2 ps
nstenergy        = 100                ; save energies every 0.2 ps
nstlog                = 100                ; update log file every 0.2 ps
; Bond parameters
continuation        = yes                ; Restarting after NVT
constraint_algorithm = lincs        ; holonomic constraints
constraints        = all-bonds        ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained
lincs_iter        = 1                ; accuracy of LINCS
lincs_order        = 4                ; also related to accuracy
; Neighborsearching
ns_type                = grid                ; search neighboring grid cells
nstlist                = 5                ; 10 fs
rlist                = 1.0                ; short-range neighborlist cutoff (in nm)
rcoulomb        = 1.0                ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
rvdw                = 1.0                ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
; Electrostatics
coulombtype        = PME                ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics
pme_order        = 4                ; cubic interpolation
fourierspacing        = 0.16                ; grid spacing for FFT
; Temperature coupling is on
tcoupl                = V-rescale        ; modified Berendsen thermostat
tc-grps                = Protein Non-Protein        ; two coupling groups - more accurate
tau_t                = 0.1        0.1        ; time constant, in ps
ref_t                = 300         300        ; reference temperature, one for each group, in K
; Pressure coupling is on
pcoupl                = Parrinello-Rahman        ; Pressure coupling on in NPT
pcoupltype        = isotropic        ; uniform scaling of box vectors
tau_p                = 2.0                ; time constant, in ps
ref_p                = 1.0                ; reference pressure, in bar
compressibility = 4.5e-5        ; isothermal compressibility of water, bar^-1
refcoord_scaling = com
; Periodic boundary conditions
pbc                = xyz                ; 3-D PBC
; Dispersion correction
DispCorr        = EnerPres        ; account for cut-off vdW scheme
; Velocity generation
gen_vel                = no                ; Velocity generation is off
赞一下 回复此楼
说好努力的
4楼2015-06-08 19:33:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭