应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » Gromacs水中溶菌酶中的各种mdp文件在哪里下，教程里的连接失效了
51/1返回列表
查看: 1137  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

楼1970-01-01 08:00:00
已阅   申请模拟EPI   回复此楼   编辑   查看我的主页

智能机器人

Robot (super robot)

我们都爱小木虫

找到一些相关的精华帖子，希望有用哦~

科研从小木虫开始，人人为我，我为人人

jerkwin

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
s1g2k3: 金币+2, ★★★很有帮助 2015-06-10 10:13:27
这里有全部的资料
http://jerkwin.github.io/9999/10 ... %E6%95%99%E7%A8%8B/
赞一下 回复此楼
5楼2015-06-08 21:52:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

好好学习444

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
s1g2k3: 金币+3, ★★★★★最佳答案 2015-06-10 10:13:15
title                = OPLS Lysozyme NVT equilibration
define                = -DPOSRES        ; position restrain the protein
; Run parameters
integrator        = md                ; leap-frog integrator
nsteps                = 50000                ; 2 * 50000 = 100 ps
dt                = 0.002                ; 2 fs
; Output control
nstxout                = 100                ; save coordinates every 0.2 ps
nstvout                = 100                ; save velocities every 0.2 ps
nstenergy        = 100                ; save energies every 0.2 ps
nstlog                = 100                ; update log file every 0.2 ps
; Bond parameters
continuation        = no                ; first dynamics run
constraint_algorithm = lincs        ; holonomic constraints
constraints        = all-bonds        ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained
lincs_iter        = 1                ; accuracy of LINCS
lincs_order        = 4                ; also related to accuracy
; Neighborsearching
ns_type                = grid                ; search neighboring grid cells
nstlist                = 5                ; 10 fs
rlist                = 1.0                ; short-range neighborlist cutoff (in nm)
rcoulomb        = 1.0                ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
rvdw                = 1.0                ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
; Electrostatics
coulombtype        = PME                ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics
pme_order        = 4                ; cubic interpolation
fourierspacing        = 0.16                ; grid spacing for FFT
; Temperature coupling is on
tcoupl                = V-rescale        ; modified Berendsen thermostat
tc-grps                = Protein Non-Protein        ; two coupling groups - more accurate
tau_t                = 0.1        0.1        ; time constant, in ps
ref_t                = 300         300        ; reference temperature, one for each group, in K
; Pressure coupling is off
pcoupl                = no                 ; no pressure coupling in NVT
; Periodic boundary conditions
pbc                = xyz                ; 3-D PBC
; Dispersion correction
DispCorr        = EnerPres        ; account for cut-off vdW scheme
; Velocity generation
gen_vel                = yes                ; assign velocities from Maxwell distribution
gen_temp        = 300                ; temperature for Maxwell distribution
gen_seed        = -1                ; generate a random seed
赞一下 回复此楼
说好努力的
2楼2015-06-08 19:31:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

好好学习444

银虫 (小有名气)
自己复制一下就可以，建个文本文件.mdp
赞一下 回复此楼
说好努力的
3楼2015-06-08 19:32:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

好好学习444

银虫 (小有名气)
title                = OPLS Lysozyme NPT equilibration
define                = -DPOSRES        ; position restrain the protein
; Run parameters
integrator        = md                ; leap-frog integrator
nsteps                = 50000                ; 2 * 50000 = 100 ps
dt                = 0.002                ; 2 fs
; Output control
nstxout                = 100                ; save coordinates every 0.2 ps
nstvout                = 100                ; save velocities every 0.2 ps
nstenergy        = 100                ; save energies every 0.2 ps
nstlog                = 100                ; update log file every 0.2 ps
; Bond parameters
continuation        = yes                ; Restarting after NVT
constraint_algorithm = lincs        ; holonomic constraints
constraints        = all-bonds        ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained
lincs_iter        = 1                ; accuracy of LINCS
lincs_order        = 4                ; also related to accuracy
; Neighborsearching
ns_type                = grid                ; search neighboring grid cells
nstlist                = 5                ; 10 fs
rlist                = 1.0                ; short-range neighborlist cutoff (in nm)
rcoulomb        = 1.0                ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
rvdw                = 1.0                ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
; Electrostatics
coulombtype        = PME                ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics
pme_order        = 4                ; cubic interpolation
fourierspacing        = 0.16                ; grid spacing for FFT
; Temperature coupling is on
tcoupl                = V-rescale        ; modified Berendsen thermostat
tc-grps                = Protein Non-Protein        ; two coupling groups - more accurate
tau_t                = 0.1        0.1        ; time constant, in ps
ref_t                = 300         300        ; reference temperature, one for each group, in K
; Pressure coupling is on
pcoupl                = Parrinello-Rahman        ; Pressure coupling on in NPT
pcoupltype        = isotropic        ; uniform scaling of box vectors
tau_p                = 2.0                ; time constant, in ps
ref_p                = 1.0                ; reference pressure, in bar
compressibility = 4.5e-5        ; isothermal compressibility of water, bar^-1
refcoord_scaling = com
; Periodic boundary conditions
pbc                = xyz                ; 3-D PBC
; Dispersion correction
DispCorr        = EnerPres        ; account for cut-off vdW scheme
; Velocity generation
gen_vel                = no                ; Velocity generation is off
赞一下 回复此楼
说好努力的
4楼2015-06-08 19:33:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 5/250 2026-08-29 21:44 by 4qO8zhfjr2AX
[博后之家] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 5/250 2026-08-29 21:33 by 4qO8zhfjr2AX
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 11/550 2026-08-29 20:18 by 63GmZBFV29mG
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+15) +15 晴天加油 2026-08-26 16/800 2026-08-29 18:28 by symmetry
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 3/150 2026-08-29 18:26 by 4FFAWE8HcgUD
[公派出国] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 6/300 2026-08-29 17:30 by 4FFAWE8HcgUD
[教师之家] 导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！ +9 苏东坡二世 2026-08-23 9/450 2026-08-29 14:41 by hustersqt
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +5 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 9/450 2026-08-29 14:03 by jCd0dEvKHShX
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 5/250 2026-08-29 11:49 by jCd0dEvKHShX
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[基金申请] 申请删除本帖 +6 lyz123lyz 2026-08-27 7/350 2026-08-27 17:31 by 宁静致远sy
[基金申请] 基金未中，这种答复是模板吗？ +5 zhaosm1982 2026-08-27 6/300 2026-08-27 16:00 by lfy8008
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +5 叶九微 2026-08-26 5/250 2026-08-27 10:35 by l_zh2008
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +7 process2012 2026-08-23 10/500 2026-08-26 19:23 by hmhminy
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +4 bjdxyxy 2026-08-26 4/200 2026-08-26 13:12 by qingmu1201
[基金申请] 国际合作可查了，中了面上 (EPI+1)(金币+50) +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 今天务委会开完了，明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[基金申请] 国合现在查不到了吗？ +10 chengyan1220 2026-08-24 20/1000 2026-08-26 08:57 by peasantsprig
[基金申请] 明天应该可查了！？ +6 chengyan1220 2026-08-23 6/300 2026-08-25 19:45 by zfd97
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭