24小时热门版块排行榜    

查看: 1340  |  回复: 7
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

gsaac

木虫 (小有名气)

[求助] PEG修饰多肽进行动力学模拟,如何添加适于PEG模拟的GROMACS力场文件 已有2人参与

现在需要进行PEG修饰的十八肽的分子动力学模拟,文献中PEG修饰蛋白质的分子动力学模拟是通过GROMACS进行的,文中提到在GROMACS力场文件中添加了PEG的残基名及电荷等,但未说明具体是怎么做的。本人并不是做分子模拟的,但实验急需,还望各位大神给予指导和帮助,非常感谢!
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

xuexijisuan

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

MHSW

禁言 (正式写手)

本帖内容被屏蔽

5楼2015-09-22 20:01:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

awaken2013

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
gsaac: 金币+20, ★★★很有帮助 2015-05-12 09:26:36
你的PEG是什么,如果是GROMOS力场,就用ATB服务器生成,最后在top中include itp文件。
如果是AMBER力场,就用高斯09优化,再用antechamber转换为对应的grimaces的itp文件,include 到 top中。
如果是非标准氨基酸,请参考gromacs官网中如何添加非标准氨基酸的方式修改力场。最后直接pdb2gmx就能生成对应的top和gro。
2楼2015-05-12 00:18:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gsaac

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by awaken2013 at 2015-05-12 00:18:28
你的PEG是什么,如果是GROMOS力场,就用ATB服务器生成,最后在top中include itp文件。
如果是AMBER力场,就用高斯09优化,再用antechamber转换为对应的grimaces的itp文件,include 到 top中。
如果是非标准氨基酸 ...

非常感谢!
3楼2015-05-12 09:23:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

声梦奇缘001

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by awaken2013 at 2015-05-12 00:18:28
你的PEG是什么,如果是GROMOS力场,就用ATB服务器生成,最后在top中include itp文件。
如果是AMBER力场,就用高斯09优化,再用antechamber转换为对应的grimaces的itp文件,include 到 top中。
如果是非标准氨基酸 ...

总结的很好,可以在加上 prodrg 这个网站优化的力场
只做不说,明知没地位,坚信有机会
4楼2015-05-12 09:45:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 302求调剂 +3 锦衣卫藤椒 2026-03-25 3/150 2026-03-25 15:05 by Linda Hu
[考研] 【2026考研调剂】制药工程 284分 求相关专业调剂名额 +4 袁奂奂 2026-03-25 8/400 2026-03-25 14:32 by lbsjt
[考研] 材料学硕333求调剂 +4 北道巷 2026-03-24 4/200 2026-03-25 14:16 by mapenggao
[考研] 303求调剂 +3 蓝山月 2026-03-25 3/150 2026-03-25 10:04 by 雾散后相遇lc
[考研] 0703化学求调剂 +6 奶油草莓. 2026-03-22 7/350 2026-03-25 10:00 by shangxh
[考研] 318求调剂 +3 plum李子 2026-03-23 3/150 2026-03-25 09:42 by 雾散后相遇lc
[考研] 085601求调剂总分293英一数二 +3 钢铁大炮 2026-03-24 3/150 2026-03-24 22:03 by bingxueer79
[考研] 环境学硕288求调剂 +8 皮皮皮123456 2026-03-22 8/400 2026-03-23 23:47 by 热情沙漠
[考研] 一志愿上海交大生物与医药专硕324分,求调剂 +5 jiajunX 2026-03-22 5/250 2026-03-23 18:07 by YMU施老师
[考研] 350求调剂 +6 weudhdk 2026-03-19 6/300 2026-03-23 15:47 by tangyuan0840221
[考研] 求老师收我 +3 zzh16938784 2026-03-23 3/150 2026-03-23 12:56 by ztnimte
[考研] 求调剂一志愿海大,0703化学学硕304分,有大创项目,四级已过 +6 幸运哩哩 2026-03-22 10/500 2026-03-22 20:10 by edmund7
[考研] 生物学调剂 +5 Surekei 2026-03-21 5/250 2026-03-22 14:39 by tcx007
[考研] 求调剂 +7 Auroracx 2026-03-22 7/350 2026-03-22 12:38 by 素颜倾城1988
[考研] 求助 +5 梦里的无言 2026-03-21 6/300 2026-03-21 17:51 by 学员8dgXkO
[考研] 求调剂 +3 .m.. 2026-03-21 4/200 2026-03-21 16:25 by barlinike
[基金申请] 学校已经提交到NSFC,还能修改吗? 40+4 babangida 2026-03-19 9/450 2026-03-21 16:12 by babangida
[考研] 材料与化工(0856)304求 B区 调剂 +3 邱gl 2026-03-21 3/150 2026-03-21 13:47 by lature00
[考研] 一志愿苏州大学材料求调剂,总分315(英一) +5 sbdksD 2026-03-19 5/250 2026-03-20 22:10 by luoyongfeng
[考研] A区线材料学调剂 +5 周周无极 2026-03-20 5/250 2026-03-20 21:33 by laoshidan
信息提示
请填处理意见