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gsaac

木虫 (小有名气)

[求助] PEG修饰多肽进行动力学模拟,如何添加适于PEG模拟的GROMACS力场文件 已有2人参与

现在需要进行PEG修饰的十八肽的分子动力学模拟,文献中PEG修饰蛋白质的分子动力学模拟是通过GROMACS进行的,文中提到在GROMACS力场文件中添加了PEG的残基名及电荷等,但未说明具体是怎么做的。本人并不是做分子模拟的,但实验急需,还望各位大神给予指导和帮助,非常感谢!
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awaken2013

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
gsaac: 金币+20, ★★★很有帮助 2015-05-12 09:26:36
你的PEG是什么,如果是GROMOS力场,就用ATB服务器生成,最后在top中include itp文件。
如果是AMBER力场,就用高斯09优化,再用antechamber转换为对应的grimaces的itp文件,include 到 top中。
如果是非标准氨基酸,请参考gromacs官网中如何添加非标准氨基酸的方式修改力场。最后直接pdb2gmx就能生成对应的top和gro。
2楼2015-05-12 00:18:28
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gsaac

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by awaken2013 at 2015-05-12 00:18:28
你的PEG是什么,如果是GROMOS力场,就用ATB服务器生成,最后在top中include itp文件。
如果是AMBER力场,就用高斯09优化,再用antechamber转换为对应的grimaces的itp文件,include 到 top中。
如果是非标准氨基酸 ...

非常感谢!
3楼2015-05-12 09:23:36
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声梦奇缘001

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by awaken2013 at 2015-05-12 00:18:28
你的PEG是什么,如果是GROMOS力场,就用ATB服务器生成,最后在top中include itp文件。
如果是AMBER力场,就用高斯09优化,再用antechamber转换为对应的grimaces的itp文件,include 到 top中。
如果是非标准氨基酸 ...

总结的很好,可以在加上 prodrg 这个网站优化的力场
只做不说,明知没地位,坚信有机会
4楼2015-05-12 09:45:59
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MHSW

禁言 (正式写手)

本帖内容被屏蔽

5楼2015-09-22 20:01:37
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hongyexi

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by awaken2013 at 2015-05-12 00:18:28
你的PEG是什么,如果是GROMOS力场,就用ATB服务器生成,最后在top中include itp文件。
如果是AMBER力场,就用高斯09优化,再用antechamber转换为对应的grimaces的itp文件,include 到 top中。
如果是非标准氨基酸 ...

壳聚糖也可以用这种方式来处理吗?
6楼2015-09-23 16:34:04
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awaken2013

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by hongyexi at 2015-09-23 16:34:04
壳聚糖也可以用这种方式来处理吗?...

可以
7楼2015-09-23 19:27:24
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hongyexi

木虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by awaken2013 at 2015-09-23 19:27:24
可以...

谢谢

发自小木虫Android客户端
8楼2015-09-23 21:06:58
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